husmusen (Mus musculus) er et lille pattedyr af ordenen Rodentia, der karakteristisk har en spids snude, små afrundede ører og en lang nøgen eller næsten hårløs hale. Det er en af de mest rigelige arter af slægten Mus. Selvom det er et vildt dyr, lever husmusen hovedsageligt i forbindelse med mennesker.Husmusen er blevet tæmmet som kæledyr eller fancy mus, og som laboratoriemusen, som er en af de vigtigste modelorganismer inden for biologi og medicin.
Samling
GRCm38.P6-samling blev indsendt af Genome Reference Consortium i September 2017. Samlingen er på kromosomniveau, bestående af 885 contigs samlet i 336 stilladser. Fra disse sekvenser er der bygget 21 kromosomer. N50-størrelsen er længden sådan, at 50% af det samlede genom ligger i blokke af N50-størrelsen eller længere. N50-længden for contigs er 32.273.079, mens stilladset N50 er 52.589.046.
Genanmærkning
genanmærkningsprocessen blev udført ved hjælp af en kombination af protein-til-genom-justeringer, annotationskortlægning fra en passende referenceart og RNA-sekv-justeringer (hvor RNA-sekv-data med passende metadata var offentligt tilgængelige). For hver kandidatgenregion blev der anvendt en udvælgelsesproces for at vælge det mest passende sæt transkripter baseret på evolutionær afstand, eksperimentel bevis for kildedataene og kvaliteten af justeringerne.Små ncrna ‘ er blev opnået ved anvendelse af en kombination af BLAST og Infernal/RNAfold. Pseudogener blev beregnet ved at se på gener med en stor procentdel af ikke-biologiske introner (introner på <10bp), hvor genet blev dækket af gentagelser, eller hvor genet var enkelt ekson og bevis for en funktionel multi-ekson paralog blev fundet andre steder i genomet. lincrna ‘ er blev genereret via RNA-sekv-data, hvor der ikke kunne findes tegn på proteinhomologi eller proteindomæner i transkriptet.
i overensstemmelse med Fort Lauderdale-aftalen skal du kontrollere genomets/samlingens publikationsstatus, inden du offentliggør nogen genomdækkende analyser ved hjælp af disse data.
