Spaniens tilstedeværelse i området kan spores tilbage til en bosættelse, der blev grundlagt i 1476. Efter angreb fra berberne besluttede spanierne at fokusere på at kolonisere andre områder i Nordafrika og opgav regionen.
i midten af det 19.århundrede, da de europæiske magter igen kiggede til Afrika for ressourcer, Spanien pludselig fremmet en interesse i sin tabte sene middelalderlige fæstning for at satse et krav på den sydlige del af Marokko. Dette tjente som påskud for en kort krig med Marokko i 1859.
territoriet og dets største by Sidi Ifni blev afstået til Spanien af Sultanatet Marokko den 26.April 1860, men der var ringe interesse for denne koloniale erhvervelse indtil 1934, da generalguvernøren i Spansk Sahara tog ophold. Lufthavnen var blevet en afgørende mellemlanding for flyvninger mellem fastlandet og De Kanariske Øer, og i 1938 blev der etableret en kommerciel rute af flyselskabet Iberia, der forbinder Sevilla, Larache, Sidi Ifni, Cape Juby og Gando på De Kanariske Øer.
indtil 1952 havde Ifni-regionen status som et protektorat. I dette år blev regionen en del af det spanske Vestafrika (enhed, der grupperede kolonierne i Spansk Sahara og Cape Juby).
efter Ifni-krigen (1957) blev det meste af territoriet besat de facto af Morocco.In 1958 blev kolonien gjort til en spansk provins for at forhindre FN ‘ s kritik af fortsat kolonisering.
efter en traktat underskrevet den 4.januar og ratificeret den 22. April returnerede Spanien formelt territoriet til Marokko den 30. juni 1969.
