de spanske Underkonge i Amerika skabte undertiden konflikter mellem oprindelige folk (‘indfødte’ eller ‘indianere’) og de spanske kolonister. Spanierne forsøgte at kontrollere de indfødte for at tvinge deres arbejde. Samtidig opstod der konflikter om politik og implementering mellem encomenderos og kronen.
to af de vigtigste sæt love, der blev udstedt i det 16.århundrede, regulerede spansk interaktion med de indfødte folk, et spørgsmål, som kronen hurtigt blev bekymret for kort efter Christopher Columbus ‘ s Rejser og hans guvernørskab. Lovene i Burgos (1512), underskrevet af kong Ferdinand II af Aragon, fokuserede på velfærden for de erobrede indfødte folk. Spørgsmålet blev revideret, efter at Bartolom Karrus de las Casas gjorde opmærksom på misbrug, der blev udført af encomenderos. Burgos Love blev revideret af de nye love fra 1542 udstedt af Carlos I og hurtigt revideret igen i 1552, efter at lovene mødte modstand fra kolonister. Disse blev efterfulgt af ordinancerne vedrørende opdagelser i 1573, som forbød uautoriserede operationer mod uafhængige indianere.
Valladolid-debatten (1550-1551) var den første moralske debat i europæisk historie, der diskuterede rettigheder og behandling af et koloniseret folk af kolonisatorer. Afholdt i Colegio de San Gregorio, i den spanske by Valladolid, var det en moralsk og teologisk debat om koloniseringen af Amerika, dens begrundelse for konvertering til katolicismen og mere specifikt om forholdet mellem de europæiske bosættere og de indfødte i den nye verden. Det bestod af en række modsatte synspunkter om, hvordan indfødte skulle integreres i det koloniale liv, deres konvertering til kristendommen og deres rettigheder og forpligtelser. Ifølge den franske historiker Jean Dumont Valladolid-debatten var et stort vendepunkt i verdenshistorien “i det øjeblik i Spanien dukkede op for menneskerettighederne”.
for at vejlede og regulere oprettelsen af presidios (militærbyer), missioner og pueblos (civile byer) udviklede Kong Phillip II den første version af Indiens Love. Denne omfattende guide var sammensat af 148 ordinancer for at hjælpe kolonister med at lokalisere, Bygge og befolke bosættelser. Disse ordinancer ville blive brugt i hele det, der nu kaldes Sydamerika, Mellemamerika, Rusland og det amerikanske amerikanske vest. De kodificerede byplanlægningsprocessen og repræsenterede nogle af de første forsøg på en generel plan. Undertegnet i 1573 betragtes Indiens love som de første omfattende retningslinjer for design og udvikling af samfund. Disse love var stærkt påvirket af Vitruvius’ ti Arkitekturbøger og Leon Battista Albertis afhandlinger om emnet.