for det meste blev Inca-militæret organiseret meget som vores moderne hær. Baseret på decimalenheder havde en gruppe på ti mænd en korporal, og fem grupper på ti havde en sergent. Denne ordre fortsatte med officerer, der førte tilsyn med grupper på 100, 500, 1.000 og 5.000. Den ultimative kommandør var sapa inca (kejser). Fremragende service i militæret blev belønnet uanset krigernes sociale stilling.
hånd-til-hånd kamp var den mest almindelige form for kamp. Inkaerne brugte kampøkser og lanser lavet af kobber, brons og sten. Disse våben var imidlertid ikke skarpe nok til at trænge ind i spansk rustning. De brugte også et udvalg af klubber. Den største, porra, krævede to hænder. Den bestod af et langt træhåndtag med en kugle af kobber eller sten, der havde fem eller seks fremspringende punkter. Porra var ikke i stand til at trænge ind i en spansk hjelm. Det kastede sten med en sådan kraft, at de kunne bryde et spansk sværd i to. Inkaerne brugte bue og pil, men de var ikke særlig nøjagtige, og de var også ubrugelige mod spansk rustning.
Inkasoldater var mellem 25 og 50 år. Alle havde omfattende militær træning. De havde bomuld eller alpaca tunika, og deres hjelme var lavet af kurv. Mange af hjelmene var prydet i farvestrålende fjer. Også, de bar tykt vatteret bomuld rustning.
inkaerne stod op i henhold til det våben, de bar. De, der bar våben, der kunne strejke på afstand, blev placeret på frontlinjen. Disse omfattede bueskytter, slyngekastere og Spydkastere. De blev efterfulgt af øksen og klubben med tropper. Inca militære ledere blev båret op på slagmarken i kuld. Før han kom ind i slaget fastede kejseren og hans tropper. Fasten sluttede med en enorm fest og forbruget af enorme mængder majsøl.
Inca militær strategi var ikke kompliceret. De delte deres styrker i tre grupper. Den første gruppe angreb forfra, mens de to andre grupper cirklede og angreb bagfra. Inkaerne afbrød også vandforsyninger, kommunikation og fødevareforsyninger. Da inkaerne nærmede sig deres fjender, lavede de øresplittende støj. De blæste konkyliehorn, fløjter, slog trommer, dansede og råbte. Denne strategi ville skræmme de modsatte kræfter. Undertiden tilføjede Inka-militæret deres arsenaler våben fra de lande, de havde besejret. Sådan opdagede de bola, som var meget effektiv mod de spanske heste. Bola var et reb med tre sten fastgjort, og når det blev kastet korrekt, kunne det omslutte fjendens arme og ben.
