i 1927 flyttede Herskovits til det Nordvestlige Universitet i Evanston, Illinois som fuldtidsantropolog. I 1928 og 1929 udførte han og hans kone Frances Herskovits feltarbejde i Surinam, blandt Saramaka (dengang kaldet Bush Negre) og skrev i fællesskab en bog om folket.
i 1934 tilbragte Herskovits og hans kone Frances mere end tre måneder i den haitiske landsby Mirebalais, hvis resultater han offentliggjorde i sin bog fra 1937 livet i en Haitisk Dal. I sin tid blev dette arbejde betragtet som en af de mest nøjagtige skildringer af den haitiske praksis af Vodou. De detaljerede omhyggeligt Mirebalais-beboernes liv og Vodou-praksis under deres tre måneders ophold. De udførte feltarbejde i Benin, Brasilien, Haiti, Ghana, Nigeria og Trinidad. I 1938 etablerede Herskovits det nye Institut for Antropologi i det nordvestlige.
i begyndelsen af 1940 ‘ erne mødte Herkovits og hans kone Frances Barbara Hadley Stein, der var i Brasilien for at undersøge afskaffelse af slaveri der. Hun introducerede dem Stanley J. Stein, en kandidatstuderende i latinamerikansk historie ved Harvard. Med råd fra Herkovits indspillede Stein og Stein sorte sange kaldet jongos, som for nyligmodtaget stor videnskabelig opmærksomhed. Herskovits påvirkede også Alan Lomaks, der samlede afroamerikanske sange.
i 1948 grundlagde Herskovits det første store tværfaglige amerikanske program i afrikanske studier ved det Nordvestlige Universitet ved hjælp af et treårigt tilskud på $30.000 fra Carnegie Foundation efterfulgt af et femårigt tilskud på $100.000 fra Ford Foundation i 1951. Programmet for afrikanske studier var det første af sin art på en amerikansk akademisk institution. Programmets mål var at ” producere lærde af kompetence inden for deres respektive fag, som vil fokusere ressourcerne på deres særlige felter på studiet af aspekter af afrikansk liv, der er relevante for deres discipliner.”
Melville J. Herskovits Library of African Studies ved det Nordvestlige Universitet, der blev oprettet i 1954, er den største separate Africana-samling i verden. Til dato indeholder den mere end 260.000 bundne bind, herunder 5.000 sjældne bøger, mere end 3.000 tidsskrifter, tidsskrifter og aviser, arkiv-og manuskriptsamlinger, 15.000 bøger på 300 forskellige afrikanske sprog, omfattende samlinger af kort, plakater, videoer og fotografier samt elektroniske ressourcer. I 1957 grundlagde Herskovits African Studies Association og var organisationens første præsident.
Herskovits ‘ bog myten om negerens fortid handler om afrikansk kulturel indflydelse på afroamerikanere; det afviser forestillingen om, at afroamerikanere mistede alle spor af deres fortid, da de blev taget fra Afrika og slaver i Amerika. Han spores adskillige elementer udtrykt i den moderne afroamerikanske kultur, der kunne spores til afrikanske kulturer. Herskovits understregede race som et sociologisk koncept, ikke et biologisk. Han hjalp også med at skabe begrebet kulturel relativisme, især i sin bog Man og hans værker. Denne bog undersøger dybtgående virkningerne af vestliggørelse på afrikanere fra forskellige kulturer, der blev bragt under slaveri til Amerika, og som derefter udviklede en markant anden afroamerikansk kultur som et produkt af denne forskydning. Som LeRoi Jones har kommenteret denne tekst, mener nogle, at introduktionen af disse afrikanere til kristendommen er det, der fremkaldte sådan vestliggørelse. Kristne begreber skiftede slavefortællinger fra en vægt på at rejse hjem til deres afrikanske oprindelseslande til at rejse hjem for at se deres herre, i himlen. Udviklingen af afroamerikanske kristne kirker, der tjente som et af de eneste steder at give disse folk adgang til social mobilitet, etablerede yderligere en tydelig vestlig kultur blandt afrikanere i Amerika. Sammen med disse kirker kom Negro spirituals, som er citeret som sandsynligt den første slags musik hjemmehørende i Amerika lavet af afrikanere. Ikke desto mindre omfattede udviklingen af sådanne spirituelle direkte indflydelse fra de afrikanske rødder. Dette blev tydeligt i en række aspekter af spirituals, fra inkluderingen af opkalds-og responslinjer og alternative skalaer til de forskellige timbres og rytmer. Alt dette viser, at Herskovits påstande i denne bog bærer meget sandhed og nøjagtighed med hensyn til etableringen af den afroamerikanske identitet som efterkommer af den afrikanske, og hvordan musik spillede ind i sådanne skift.
Herskovits debatterede med sociologen Franklin Frasier om karakteren af kulturel kontakt på den vestlige halvkugle, specifikt med henvisning til afrikanere, europæere og deres efterkommere. Han understregede, hvordan afrikanere havde tilpasset sig deres nye miljø i Amerika. Herskovits var interesseret i at vise elementer af kontinuitet fra afrikanske kulturer ind i det nuværende samfund.
efter Anden Verdenskrig fortalte Herskovits offentligt afrikanske Nationers uafhængighed fra kolonimagterne. Han kritiserede kraftigt amerikanske politikere for at se afrikanske nationer som genstande for kold krigsstrategi. Herskovits blev ofte opfordret til som rådgiver for regeringen og tjente i borgmesterens Udvalg for Race Relations i Chicago (1945) og det amerikanske senats Udenrigsudvalg (1959-60).
