NdeI er en specifik type II restriktion, der skærer åbne specifikke målsekvenser, i modsætning til eksonukleaser. Dette gen bruges til genkloning til at skære åbne læserammer i plasmidet af visse bakterier, såsom E. coli og indsætte et fremmed gen, såsom gfpuv-genet, der koder for biofluorescens af jelly fish Aekvorea victoria.
NdeI er nyttig til generering af heterolog DNA-konstruktion, fordi den indeholder startkodon ATG. Det kan derfor bruges i nogle ekspressionsvektorer, såsom dem i pET-serien af vektorer, til ligering af starten af et gen, når der laves en ekspressionskonstruktion. Bemærk dog, at NdeI kun genererer et overhæng med to baser og derfor har en lavere smeltetemperatur end andre begrænsningssymboler, der genererer et overhæng med fire baser. Det har en lavere ligeringseffektivitet, da ligering påvirkes af endernes evne til at anneale, og et to-baseoverhæng har en signifikant lavere smeltetemperatur sammenlignet med et 4-baseoverhæng. Ligering af NdeI-genererede ender udføres derfor bedst med højere ligasekoncentration med en længere ligeringstid, hvad enten det er ved stuetemperatur, 14-16 liter C eller ved 4 liter C.
