navngivning af et nyt gen? Det er en god ide at tjekke på Sanger Center pombe genome project for at se, om din genbetegnelse allerede er taget. Du kan også reservere et gen navn for en bestemt locus før offentliggørelse. Efterforskere opfordres til at bruge genregistret til at reservere navne, foreslå navneændringer eller kontakte GNC (gennomenklaturudvalget). GNC vil behandle duplikatnavne, ikke-standardbetegnelser og andre sådanne problemer. Det vil også revidere nomenklaturreglerne efter behov for at sikre, at de er ajourførte. Få adgang til udvalget via ovenstående side.
generelle nomenklaturregler: Fission gærgenavne udtrykkes generelt som et Kursiv navn med tre bogstaver efterfulgt af et tal og et plus for vildtype (cdc19+; pluset skal overskrives i normal tekst). I mutanter erstattes pluset med en allelbetegnelse (cdc19-P1). Allelbetegnelser varierer meget i format; nogle er bogstaver, nogle tal, nogle en blanding.
de fleste efterforskere angiver sletninger med en Δ(delta). For eksempel er en forstyrrelse af dit yndlingsgen yfg1+ med ura4+ skrevet Δyfg1::ura4+ i en ordentlig belastningstabel, selvom folk ofte bruger Δ yfg1 eller yfg1Δ som kort hånd i tekst. For nylig er yfg1Δ blevet den foretrukne betegnelse. Til sletning alleler konstrueret uden en indsættelse, nogle bruger en allel betegnelse begynder med D; f.eks, ura4-D18 er en sletning af ura4+. Du kan dog ikke være sikker på, at en “D” i en allelbetegnelse altid er en sletning, så vær forsigtig og læs litteraturen. Det er stærkt opmuntret af nogle, at sletning alleler gives en unik allel betegnelse, f.eks yfg1-D1::ura4+ men dette er ikke typisk. I flere tilfælde er det samme gen imidlertid blevet forstyrret i forskellige laboratorier, og fænotyperne varierer alt efter den nøjagtige konstruktion. Uden en unik identifikator for et givet Laboratories allel har dette ført til betydelig forvirring i litteraturen.
:: (dobbelt kolon) bruges til at indikere en indsættelse i genomet. Det behøver ikke svare til en sletning/forstyrrelse, for eksempel vil markering af et locus ved at integrere en markør nedstrøms angives yfg1+::leu1+ eller yfg1+::pAB123. Generelt, hvad der kommer før:: er locus, og du skal angive, om det er vildtype eller mutant; hvad der kommer efter :: er det, der blev integreret, og du skal også identificere det. I nogle tilfælde bruger folk et enkelt kolon : for at indikere en indsættelse og et dobbelt kolon :: for at indikere en erstatning/forstyrrelse.
proteiner er angivet med romersk tekst. I ældre litteratur blev dette efterfulgt af en vedlagt p (f.eks Cdc19p). P er især nyttigt for ikke-gærfolk, der måske ikke er bekendt med konventionerne af romersk versus kursiv type, men det er faldet i unåde. Bare for at komplicere livet yderligere er spirende gærnomenklatur anderledes: vildtype-gennavne er i kursiv hovedstæder (LEU2), mutanter (medmindre dominerende) er med små bogstaver (leu2-3) og proteinnavne er i romersk tekst (LEU2 eller Leu2).
