Den Okt. 9, 1962, Uganda blev uafhængig, med Dr. Apollo Milton Obote, en Lango leder af UPC, som premierminister. Buganda fik betydelig autonomi. I 1963 blev Uganda en republik, og Mutesa blev valgt til præsident. De første år med uafhængighed blev domineret af en kamp mellem centralregeringen og Buganda. I 1966 introducerede Obote en ny forfatning, der sluttede Bugandas autonomi. Baganda protesterede kraftigt og syntes på randen af at tage våben op, da Obote erobrede kabakas palads i Mengo, tvang kabaka til at flygte fra landet, og sluttede effektiv Baganda-modstand.
i 1967 blev der indført en ny forfatning, der gav centralregeringen—især præsidenten—meget magt og delte Buganda i fire distrikter; de traditionelle kongehuse blev også afskaffet. I 1969 besluttede Obote at følge et venstreorienteret kursus i håb om at bygge bro over landets etniske og regionale forskelle gennem en fælles socialpolitik.
Uganda har siden gennemgået turbulente tider. I Jan. I 1971 blev Obote, på det tidspunkt uden for landet, afsat i et kup af generalmajor Idi Amin. Han skulle regere landet i de næste otte år.
i 1978 invaderede Uganda landet i et forsøg på at annektere Kagera-regionen. I 1979 lancerede landet en vellykket modinvasion og forenede effektivt forskellige anti-Amin-styrker under Ugandas nationale befrielsesfront (UNLF). Amins styrker blev drevet ud, og Amin flygtede selv fra landet.
Uganda skulle have flere statsoverhoveder under UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa og Paul Muvanga som formand for militærkommissionen.
UNLF, der led af interne stridigheder, blev fejet ud af magten af Milton Obote og hans parti, Ugandas Folkekongres. Det National Resistance Army (NRA) gennemførte gerillakampagner over hele landet og angreb efter tilbagetrækningen af Tansanske tropper i 1981 tidligere Amin-tilhængere. I begyndelsen af 1980 ‘ erne søgte omkring 200.000 ugandere tilflugt i nabolandet Congo og Sudan. I 1985 afsatte et militærkup Obote, og generalløjtnant Tito Okello blev statsoverhoved.
da det ikke fik en rolle i det nye regime, fortsatte NRA sin gerillakampagne og indtog Kampala i 1986, og dets leder, H. E.
Uganda vedtog en ny forfatning i oktober 1995 som landets øverste lov, der siden har etableret et fundament for demokratisk regeringsførelse i landet.
