Bei der Anwendung der Grundsätze der Kosten-Nutzen-Analyse auf reale Probleme der Ressourcenallokation muss besonders darauf geachtet werden, dass die der Kosten-Nutzen-Technik zugrunde liegende wohlfahrtsökonomische Theorie eingehalten wird. Große Probleme ergeben sich, wenn Kosten und Nutzen synonym verwendet werden, um die guten und schlechten Eigenschaften eines Programms darzustellen. Darüber hinaus kann es bei Projekten, die sich gegenseitig ausschließen, zu verzerrten Schätzungen des Schattenpreises von Projekten und folglich zu Fehlern in den Schlussfolgerungen der Analysten führen, wenn die Aufmerksamkeit auf den Nettonutzen (oder das Kosten-Nutzen-Verhältnis) einzelner Projekte im Gegensatz zum Nettonutzen der Verwendung budgetierter Ressourcen gerichtet wird. Daher sind wirtschaftliche Bewertungen einzelner Projekte für die Wahl zwischen sich gegenseitig ausschließenden Projekten unterschiedlicher Größe nicht direkt relevant. Beide Arten von Problemen werden sowohl anhand einfacher Beispiele als auch anhand veröffentlichter wirtschaftlicher Bewertungen von Gesundheitstechniken veranschaulicht. Integer-Programmierung wird als Methode zur Auswahl zwischen sich gegenseitig ausschließenden Projekten vorgeschlagen und demonstriert.
