Die Hausmaus (Mus musculus) ist ein kleines Säugetier der Ordnung Rodentia, das charakteristisch eine spitze Schnauze, kleine abgerundete Ohren und einen langen nackten oder fast haarlosen Schwanz hat. Es ist eine der häufigsten Arten der Gattung Mus. Obwohl ein wildes Tier, lebt die Hausmaus hauptsächlich in Verbindung mit Menschen.Die Hausmaus wurde als Haustier- oder Fantasiemaus und als Labormaus domestiziert, die einer der wichtigsten Modellorganismen in Biologie und Medizin ist.
Montage
Die GRCm38.p6 assembly wurde im September 2017 vom Genome Reference Consortium eingereicht. Die Anordnung ist auf Chromosomenebene, bestehend aus 885 Contigs in 336 Gerüsten zusammengebaut. Aus diesen Sequenzen wurden 21 Chromosomen aufgebaut. Die N50-Größe ist die Länge, so dass 50% des zusammengesetzten Genoms in Blöcken der N50-Größe oder länger liegt. Die N50-Länge für die Contigs beträgt 32.273.079, während das Gerüst N50 52.589.046 beträgt.
Gen-Annotation
Der Gen-Annotationsprozess wurde unter Verwendung einer Kombination von Protein-Genom-Alignments, Annotations-Mapping von einer geeigneten Referenzspezies und RNA-Seq-Alignments durchgeführt (wobei RNA-seq-Daten mit geeigneten Metadaten öffentlich verfügbar waren). Für jede Kandidatengenregion wurde ein Auswahlverfahren angewendet, um den am besten geeigneten Satz von Transkripten basierend auf der evolutionären Entfernung, experimentellen Beweisen für die Quelldaten und der Qualität der Alignments auszuwählen.Kleine ncRNAs wurden unter Verwendung einer Kombination von BLAST und Infernal / RNAfold erhalten. Pseudogene wurden berechnet, indem Gene mit einem großen Prozentsatz an nicht-biologischen Introns (Introns von < 10bp) untersucht wurden, bei denen das Gen mit Wiederholungen bedeckt war oder bei denen das Gen ein einzelnes Exon war und der Nachweis eines funktionellen Multi-Exon-Paralogs an anderer Stelle im Genom gefunden wurde. lincRNAs wurden über RNA-seq-Daten generiert, bei denen keine Hinweise auf Proteinhomologie oder Proteindomänen im Transkript gefunden werden konnten.
In Übereinstimmung mit dem Fort Lauderdale-Abkommen überprüfen Sie bitte den Veröffentlichungsstatus des Genoms / der Assembly, bevor Sie genomweite Analysen unter Verwendung dieser Daten veröffentlichen.
