Spaniens Präsenz in der Region lässt sich auf eine Siedlung namens Santa Cruz de la Mar Pequeña zurückführen, die 1476 gegründet wurde. Nach Angriffen der Berber beschlossen die Spanier, sich auf die Kolonisierung anderer Gebiete Nordafrikas zu konzentrieren, und gaben die Region auf.
Mitte des 19.Jahrhunderts, als die europäischen Mächte erneut nach Ressourcen in Afrika suchten, interessierte sich Spanien plötzlich für seine verlorene spätmittelalterliche Festung, um einen Anspruch auf den südlichen Teil Marokkos zu erheben. Dies diente als Vorwand für einen kurzen Krieg mit Marokko im Jahr 1859.
Das Gebiet und seine Hauptstadt Sidi Ifni wurden am 26.April 1860 vom Sultanat Marokko an Spanien abgetreten, aber es gab wenig Interesse an diesem kolonialen Erwerb bis 1934, als der Generalgouverneur der spanischen Sahara seinen Wohnsitz nahm. Der Flughafen war zu einem wichtigen Zwischenstopp für Flüge zwischen dem Festland und den Kanarischen Inseln geworden, und 1938 wurde von der Fluggesellschaft Iberia eine Handelsroute zwischen Sevilla, Larache, Sidi Ifni, Cape Juby und Gando auf den Kanaren eingerichtet.
Bis 1952 hatte die Region Ifni den Status eines Protektorats. In diesem Jahr wurde die Region Teil von Spanisch-Westafrika (Einheit, die die Kolonien der spanischen Sahara und Kap Juby gruppierte).
Nach dem Ifni-Krieg (1957) wurde der größte Teil des Territoriums de facto von Morocco.In 1958 wurde die Kolonie in eine spanische Provinz umgewandelt, um der Kritik der Vereinten Nationen an der fortgesetzten Kolonialisierung zuvorzukommen.
Nach einem am 4. Januar unterzeichneten und am 22. April ratifizierten Vertrag gab Spanien das Gebiet am 30. Juni 1969 offiziell an Marokko zurück.
