Zum größten Teil war das Inka-Militär sehr ähnlich wie unsere moderne Armee organisiert. Basierend auf Dezimaleinheiten hatte eine Truppe von zehn Männern einen Korporal, und fünf Gruppen von zehn hatten einen Sergeant. Dieser Befehl wurde mit Offizieren fortgesetzt, die Gruppen von 100, 500, 1.000 und 5.000 beaufsichtigten. Der ultimative Kommandant war der Sapa Inka (Kaiser). Hervorragender Dienst im Militär wurde unabhängig von der sozialen Position des Kriegers belohnt.
Nahkampf war die häufigste Form des Kampfes. Die Inkas verwendeten Kampfäxte und Lanzen aus Kupfer, Bronze und Stein. Diese Waffen waren jedoch nicht scharf genug, um die spanische Rüstung zu durchdringen. Außerdem verwendeten sie eine Auswahl an Clubs. Die größte, die Porra, benötigte zwei Hände. Es bestand aus einem langen Holzgriff mit einer Kugel aus Kupfer oder Stein, die fünf oder sechs hervorstehende Punkte hatte. Die Porra war nicht in der Lage, einen spanischen Helm zu durchdringen. Eine ihrer effektivsten Waffen, die von den Inka benutzt wurden, war eine Schlinge oder Warak’a. Es warf Steine mit solcher Kraft, dass sie ein spanisches Schwert in zwei Teile zerbrechen konnten. Die Inkas benutzten Pfeil und Bogen, aber sie waren nicht sehr genau und auch gegen spanische Rüstungen nutzlos.
Inka-Soldaten waren zwischen 25 und 50 Jahre alt. Alle hatten eine umfangreiche militärische Ausbildung. Sie trugen Tuniken aus Baumwolle oder Alpaka, und ihre Helme bestanden aus Korbgeflecht. Viele der Helme waren mit bunten Federn geschmückt. Außerdem trugen sie dick gesteppte Baumwollrüstungen.
Die Inka stellten sich entsprechend der Waffe auf, die sie trugen. Diejenigen, die Waffen trugen, die aus der Ferne zuschlagen konnten, wurden an die Front gestellt. Dazu gehörten Bogenschützen, Schleuderwerfer und Speerwerfer. Ihnen folgten die Axt- und keulenschwingenden Truppen. Inka-Militärkommandanten wurden in Würfen auf das Schlachtfeld getragen. Vor dem Eintritt in die Schlacht fasteten der Kaiser und seine Truppen. Das Fasten endete mit einem großen Festmahl und dem Verzehr enormer Mengen Maisbier.
Die Militärstrategie der Inka war nicht kompliziert. Sie teilten ihre Kräfte in drei Gruppen auf. Die erste Gruppe griff von vorne an, während die anderen beiden Gruppen umkreisten und von hinten angriffen. Die Inka unterbrachen auch die Wasserversorgung, die Kommunikation und die Nahrungsmittelversorgung. Als die Inkas sich ihren Feinden näherten, machten sie ohrenbetäubende Geräusche. Sie bliesen Muschelhörner, Trillerpfeifen, trommelten, tanzten und schrien. Diese Strategie würde die gegnerischen Kräfte erschrecken. Manchmal fügte das Inka-Militär seinen Arsenalen die Waffen der Länder hinzu, die sie besiegt hatten. So entdeckten sie die Bola, die sehr effektiv gegen die spanischen Pferde war. Die Bola war ein Seil, an dem drei Steine befestigt waren, und wenn sie richtig geworfen wurde, konnte sie die Arme und Beine des Feindes umschließen.
