1927 wechselte Herskovits als Vollzeit-Anthropologe an die Northwestern University in Evanston, Illinois. In den Jahren 1928 und 1929 unternahm er mit seiner Frau Frances Herskovits Feldarbeit in Suriname unter den Saramaka (damals Bush Negroes genannt) und schrieb gemeinsam ein Buch über die Menschen.
1934 verbrachten Herskovits und seine Frau Frances mehr als drei Monate im haitianischen Dorf Mirebalais, dessen Forschungsergebnisse er 1937 in seinem Buch Life in a Haitian Valley veröffentlichte. Zu seiner Zeit galt dieses Werk als eine der genauesten Darstellungen der haitianischen Vodou-Praxis. Sie schilderten akribisch das Leben und die Vodou-Praktiken der Bewohner von Mirebalais während ihres dreimonatigen Aufenthalts. Sie führten Feldarbeiten in Benin, Brasilien, Haiti, Ghana, Nigeria und Trinidad durch. 1938 gründete Herskovits die neue Abteilung für Anthropologie an der Northwestern University.
In den frühen 1940er Jahren trafen Herkovits und seine Frau Frances Barbara Hadley Stein, die in Brasilien war, um dort über die Abschaffung der Sklaverei zu forschen. Sie stellte ihnen Stanley J. Stein, ein Doktorand in lateinamerikanischer Geschichte an der Harvard. Mit Ratschlägen von Herkovits nahmen Stein und Stein schwarze Songs namens Jongos auf, die kürzlich beträchtliche wissenschaftliche Aufmerksamkeit erhalten haben. Herskovits beeinflusste auch Alan Lomax, der afroamerikanische Lieder sammelte.
1948 gründete Herskovits das erste große interdisziplinäre amerikanische Programm für Afrikastudien an der Northwestern University mit Hilfe eines dreijährigen Stipendiums der Carnegie Foundation in Höhe von 30.000 US-Dollar, gefolgt von einem fünfjährigen Stipendium der Ford Foundation in Höhe von 100.000 US-Dollar im Jahr 1951. Das Programm für Afrikastudien war das erste seiner Art an einer akademischen Einrichtung der Vereinigten Staaten. Ziel des Programms war es, „Kompetenzwissenschaftler in ihren jeweiligen Fächern hervorzubringen, die die Ressourcen ihrer Spezialgebiete auf das Studium der für ihre Disziplinen relevanten Aspekte des afrikanischen Lebens konzentrieren.“
Die 1954 gegründete Melville J. Herskovits Library of African Studies an der Northwestern University ist die größte separate Africana-Sammlung der Welt. Bis heute enthält es mehr als 260.000 gebundene Bände, darunter 5.000 seltene Bücher, mehr als 3.000 Zeitschriften, Zeitschriften und Zeitungen, Archiv- und Manuskriptsammlungen, 15.000 Bücher in 300 verschiedenen afrikanischen Sprachen, umfangreiche Sammlungen von Karten, Plakaten, Videos und Fotografien sowie elektronische Ressourcen. 1957 gründete Herskovits die African Studies Association und war deren erster Präsident.
Herskovits ‚Buch The Myth of the Negro Past handelt von afrikanischen kulturellen Einflüssen auf Afroamerikaner; es lehnt die Vorstellung ab, dass Afroamerikaner alle Spuren ihrer Vergangenheit verloren haben, als sie aus Afrika geholt und in Amerika versklavt wurden. Er verfolgte zahlreiche Elemente, die in der zeitgenössischen afroamerikanischen Kultur zum Ausdruck kamen und auf afrikanische Kulturen zurückgeführt werden konnten. Herskovits betonte Rasse als soziologisches Konzept, kein biologisches. Er half auch, das Konzept des kulturellen Relativismus zu schmieden, insbesondere in seinem Buch Man and His Works. Dieses Buch untersucht eingehend die Auswirkungen der Verwestlichung auf Afrikaner verschiedener Kulturen, die während der Sklaverei nach Amerika gebracht wurden, und die dann als Produkt dieser Vertreibung eine deutlich andere afroamerikanische Kultur entwickelten. Wie LeRoi Jones zu diesem Text kommentiert hat, glauben einige, dass die Einführung dieser Afrikaner in das Christentum eine solche Verwestlichung vorangetrieben hat. Christliche Konzepte verlagerten Sklavenerzählungen von der Betonung der Heimreise in ihre afrikanischen Herkunftsländer auf die Heimreise, um ihren Herrn im Himmel zu sehen. Die Entwicklung afroamerikanischer christlicher Kirchen, die als einer der wenigen Orte dienten, um diesen Völkern Zugang zu sozialer Mobilität zu verschaffen, etablierte eine deutlich westliche Kultur unter Afrikanern in Amerika. Zusammen mit diesen Kirchen kamen Negro Spirituals, die als wahrscheinlich die erste Art von Musik aus Amerika von Afrikanern zitiert werden. Nichtsdestotrotz beinhaltete die Entwicklung solcher Spirituals direkten Einfluss von den afrikanischen Wurzeln. Dies zeigte sich in einer Reihe von Aspekten der Spirituals, von der Einbeziehung von Ruf- und Antwortlinien und alternativen Skalen bis hin zu den vielfältigen Klangfarben und Rhythmen. All dies zeigt, dass Herskovits ‚Behauptungen in diesem Buch viel Wahrheit und Genauigkeit in Bezug auf die Etablierung der afroamerikanischen Identität als Nachkomme der des Afrikaners enthalten, und wie Musik in solche Verschiebungen spielte.
Herskovits diskutierte mit dem Soziologen Franklin Frazier über die Art des kulturellen Kontakts in der westlichen Hemisphäre, insbesondere in Bezug auf Afrikaner, Europäer und ihre Nachkommen. Frazier betonte, wie sich die Afrikaner an ihre neue Umgebung in Amerika angepasst hatten. Herskovits war daran interessiert, Elemente der Kontinuität von afrikanischen Kulturen in die heutige Gemeinschaft zu zeigen.
Nach dem Zweiten Weltkrieg trat Herskovits öffentlich für die Unabhängigkeit afrikanischer Nationen von den Kolonialmächten ein. Er kritisierte amerikanische Politiker scharf dafür, dass sie afrikanische Nationen als Objekte der Strategie des Kalten Krieges betrachteten. Herskovits wurde häufig als Berater der Regierung berufen und war Mitglied des Ausschusses für Rassenbeziehungen des Bürgermeisters in Chicago (1945) und des Ausschusses für auswärtige Beziehungen des US-Senats (1959-60).
