NdeI ist ein spezifisches Typ-II-Restriktionsenzym, das im Gegensatz zu Exonukleasen spezifische Zielsequenzen aufschneidet. Dieses Enzym wird bei der Genklonierung verwendet, um Leserahmen im Plasmid bestimmter Bakterien wie E. coli aufzuschneiden und ein fremdes Gen wie das gfpuv-Gen einzufügen, das für die Biofluoreszenz der Qualle Aequorea victoria kodiert.
NdeI ist nützlich bei der Erzeugung heterologer DNA-Konstrukte, da es das Startcodon ATG enthält. Es kann daher in einigen Expressionsvektoren, wie denen in der pET-Reihe von Vektoren, für die Ligation des Starts eines Gens bei der Herstellung eines Expressionskonstrukts verwendet werden. Beachten Sie jedoch, dass NdeI nur einen Zwei-Basen-Überhang erzeugt und daher eine niedrigere Schmelztemperatur aufweist als andere Restriktionsenzyme, die einen Vier-Basen-Überhang erzeugen. Es hat eine geringere Ligationseffizienz, da die Ligation durch die Fähigkeit der Enden zum Tempern beeinflusst wird und ein Zwei-Basen-Überhang eine signifikant niedrigere Schmelztemperatur im Vergleich zu einem 4-Basen-Überhang aufweist. Die Ligation von NdeI-generierten Enden wird daher am besten mit höherer Ligasekonzentration mit längerer Ligationszeit durchgeführt, sei es bei Raumtemperatur, 14-16°C oder bei 4°C.
