Ein neues Gen benennen? Es ist eine gute Idee, im Sanger Centre Pombe Genome Project zu überprüfen, ob Ihre Genbezeichnung bereits vergeben ist. Sie können auch einen Gennamen für einen bestimmten Locus vor der Veröffentlichung reservieren. Die Forscher werden dringend gebeten, das Genregister zu verwenden, um Namen zu reservieren, Namensänderungen vorzuschlagen oder sich an das GNC (Gene Nomenclature Committee) zu wenden. Das GNC wird sich mit doppelten Namen, nicht standardmäßigen Bezeichnungen und anderen derartigen Problemen befassen. Sie wird auch die Nomenklaturvorschriften bei Bedarf überarbeiten, um sicherzustellen, dass sie auf dem neuesten Stand sind. Greifen Sie über die obige Website auf das Komitee zu.
Allgemeine Nomenklaturregeln: Spalthefe-Gennamen werden im Allgemeinen als kursiver Name mit drei Buchstaben, gefolgt von einer Zahl, und einem Plus für Wildtyp (cdc19+; das Plus sollte im normalen Text hochgestellt werden) ausgedrückt. Bei Mutanten wird das Plus durch eine Allelbezeichnung (cdc19-P1) ersetzt. Allelbezeichnungen variieren stark im Format; Einige sind Buchstaben, einige Zahlen, einige eine Mischung.
Die meisten Forscher geben Deletionen mit einem Δ (Delta) an. Zum Beispiel wird eine Unterbrechung Ihres Lieblingsgens yfg1+ mit ura4+ Δyfg1::ura4+ in einer richtigen Stammtabelle geschrieben, obwohl die Leute oft Δ yfg1 oder yfg1Δ als kurze Hand im Text verwenden. In letzter Zeit ist yfg1 Δ zur bevorzugten Bezeichnung geworden. Für Deletionsallele, die ohne Insertion konstruiert wurden, verwenden einige eine Allelbezeichnung, die mit D beginnt; z. B. ist ura4-D18 eine Deletion von ura4 +. Sie können jedoch nicht sicher sein, dass ein „D“ in einer Allelbezeichnung immer eine Deletion ist. Es wird von einigen dringend empfohlen, dass Deletionsallele eine eindeutige Allelbezeichnung erhalten, z. B. yfg1-D1 :: ura4 +, aber dies ist nicht typisch. In mehreren Fällen wurde jedoch dasselbe Gen in verschiedenen Laboratorien gestört, und die Phänotypen variieren je nach genauem Konstrukt. Ohne einen eindeutigen Identifikator für das Allel eines bestimmten Labors hat dies zu erheblicher Verwirrung in der Literatur geführt.
Das :: (Doppelpunkt) wird verwendet, um eine Insertion in das Genom anzuzeigen. Es muss nicht einer Deletion/Disruption entsprechen, beispielsweise würde die Markierung eines Locus durch Integration eines Markers stromabwärts yfg1+::leu1+ oder yfg1+::pAB123 angezeigt. Im Allgemeinen ist das, was vor dem :: steht, der Ort, und Sie müssen angeben, ob es sich um einen Wildtyp oder eine Mutante handelt. In einigen Fällen verwenden Personen einen einzelnen Doppelpunkt : , um eine Einfügung anzuzeigen, und einen doppelten Doppelpunkt ::, um eine Ersetzung / Unterbrechung anzuzeigen.
Proteine werden durch römischen Text angezeigt. In älterer Literatur folgte ein angehängtes p (z. B. Cdc19p). Das p ist besonders nützlich für nicht-kursive Personen, die mit den Konventionen des römischen versus kursiven Typs nicht vertraut sind, aber es ist in Ungnade gefallen. Nur um das Leben weiter zu komplizieren, ist die angehende Hefe-Nomenklatur anders: Die Wildtyp-Gennamen sind in Kursivschrift (LEU2), Mutanten (sofern nicht dominant) sind in Kleinbuchstaben (leu2-3) und Proteinnamen sind in römischem Text (LEU2 oder Leu2).
