Fowler war Mitglied einer Minderheitsgruppe, die 49,32 Prozent der Padres besaß. Die Gruppe, angeführt vom damaligen Padres-Chef Jeff Moorad, versuchte, die Padres vom kontrollierenden Eigentümer John Moores für 530 Millionen Dollar zu kaufen, aber der Deal fiel im April 2012 durch. Fowler ersetzte dann Moorad als Komplementär der Minderheitsgruppe und war Mitglied des Padres Executive Committee.
Fowler schloss sich einer neuen Gruppe an, um die Padres zu kaufen, zu der vier Erben der Familie O’Malley gehörten, die fünf Jahrzehnte lang das Franchise der Los Angeles Dodgers besaß. Kevin und Brian O’Malley sind die Söhne des ehemaligen Dodgers-Besitzers Peter O’Malley und Enkel von Walter O’Malley, dem Besitzer, der die Dodgers nach der Saison 1957 von Brooklyn nach Westen zog. Peter und Tom Seidler sind die Neffen von Peter O’Malley. Die MLB genehmigte den Verkauf über 800 Millionen US-Dollar, der am 28.August 2012 abgeschlossen wurde. Bis zu 200 Millionen US-Dollar des Verkaufspreises enthielten die 20-prozentige Beteiligung des Teams an Fox Sports San Diego, einem Kabelkanal, der den Padres jährliche Gebühren im Rahmen einer 20-Jahresvereinbarung über 1,2 Milliarden US-Dollar zahlt. Fowler wurde zum Executive Chairman der Ownership Group ernannt und wurde ernannt, um die Padres in allen Ligasitzungen zu vertreten. Er wurde die erste lokal ansässige Kontrollperson des Teams seit der Gründung des Eigentümers C. Arnholdt Smith. Unter der Fowler / Siedler / O’Malley-Gruppe haben die Padres 3 Spieler zu Verträgen verpflichtet, die den vorherigen Franchise-Rekordvertrag übertrafen und Wil Myers im Januar 2017 6 Jahre und 83 Millionen US-Dollar gaben, Eric Hosmer im Februar 2018 8 Jahre und 144 Millionen US-Dollar und Manny Machado im Februar 2019 10 Jahre und 300 Millionen US-Dollar.
Am 18.November 2020 genehmigte MLB Fowler die Übertragung der Rolle des Vorsitzenden an Peter Seidler, der von Fowler eine Beteiligung am Team erwarb, um der größte Stakeholder zu werden. Fowler bleibt dem Team als stellvertretender Vorsitzender erhalten.
