Am Okt. 9, 1962, Uganda wurde unabhängig, mit Dr. Apollo Milton Obote, einem Lango-Führer der UPC, als Premierminister. Buganda erhielt eine beträchtliche Autonomie. 1963 wurde Uganda eine Republik und Mutesa wurde zum Präsidenten gewählt. Die ersten Jahre der Unabhängigkeit waren geprägt von einem Kampf zwischen der Zentralregierung und Buganda. 1966 führte Obote eine neue Verfassung ein, die Bugandas Autonomie beendete. Die Baganda protestierten energisch und schienen kurz davor zu sein, zu den Waffen zu greifen, als Obote den Palast des Kabaka in Mengo eroberte, zwang den Kabaka, aus dem Land zu fliehen, und beendete den effektiven Widerstand der Baganda.
1967 wurde eine neue Verfassung eingeführt, die der Zentralregierung — insbesondere dem Präsidenten — viel Macht verlieh und Buganda in vier Bezirke aufteilte; Die traditionellen Königshäuser wurden ebenfalls abgeschafft. 1969 entschied sich Obote für einen linken Kurs in der Hoffnung, die ethnischen und regionalen Unterschiede des Landes durch eine gemeinsame Sozialpolitik zu überbrücken.
Uganda hat seitdem turbulente Zeiten durchgemacht. Im Januar. 1971 wurde Obote, damals außerhalb des Landes, durch einen Putsch von Generalmajor Idi Amin abgesetzt. Er sollte das Land für die nächsten acht Jahre regieren.
1978 fiel Uganda in Tansania ein, um die Region Kagera zu annektieren. Tansania startete 1979 eine erfolgreiche Gegeninvasion und vereinte effektiv verschiedene Anti-Amin-Kräfte unter der Uganda National Liberation Front (UNLF). Amins Truppen wurden vertrieben und Amin selbst floh aus dem Land.
Uganda sollte unter UNLF mehrere Staatsoberhäupter haben: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa und Paul Muwanga als Vorsitzender der Militärkommission.
UNLF, die unter internen Unruhen litt, wurde von Milton Obote und seiner Partei, dem Uganda People’s Congress, aus der Macht gefegt. Die Nationale Widerstandsarmee (NRA) führte Guerillakampagnen im ganzen Land durch und griff nach dem Abzug der tansanischen Truppen 1981 ehemalige Amin-Anhänger an. In den frühen 1980er Jahren suchten etwa 200.000 Ugander Zuflucht im benachbarten Ruanda, Kongo und Sudan. 1985 setzte ein Militärputsch Obote ab und Generalleutnant Tito Okello wurde Staatsoberhaupt.
Als sie keine Rolle im neuen Regime bekam, setzte die NRA ihre Guerillakampagne fort und nahm Kampala 1986 ein, und ihr Führer, S.E. Yoweri Kaguta Museveni, wurde der neue Präsident.
Uganda verabschiedete im Oktober 1995 eine neue Verfassung als oberstes Gesetz des Landes, die seitdem eine Grundlage für demokratische Regierungsführung im Land geschaffen hat.
