Al aplicar los principios del análisis de costo-beneficio a los problemas del mundo real de asignación de recursos, se debe tener especial cuidado para garantizar que se cumpla la teoría económica del bienestar que subyace a la técnica de costo-beneficio. Surgen problemas importantes cuando los costos y los beneficios se utilizan indistintamente para representar los atributos buenos y malos de un programa. Además, en presencia de proyectos mutuamente excluyentes, centrar la atención en los beneficios netos (o la relación costo-beneficio) de proyectos individuales en lugar de los beneficios netos de la utilización de recursos presupuestados puede dar lugar a estimaciones sesgadas del precio en la sombra de los proyectos y, en consecuencia, a errores en las conclusiones de los analistas. En consecuencia, las evaluaciones económicas de los proyectos individuales no son directamente pertinentes para elegir entre proyectos mutuamente excluyentes de diferentes tamaños. Ambos tipos de problemas se ilustran con referencia a ejemplos simples y evaluaciones económicas publicadas de técnicas de atención de la salud. La programación de enteros se propone y se demuestra como un método de selección entre proyectos mutuamente excluyentes.
