Una forma de caracterizar los compuestos moleculares es por su polaridad, que es una propiedad física de la materia. La polaridad influye en otros atributos físicos de una molécula y es indicativa de la cantidad y tipos de enlaces covalentes que mantienen unido el compuesto. Los dos tipos de enlaces covalentes que pueden ocurrir en un compuesto molecular son enlaces polares y no polares. Un enlace polar se forma cuando los átomos que componen la molécula tienen una distribución asimétrica de electrones en sus enlaces. Esto crea cargas parciales opuestas, que cuando se separan producen un dipolo que resulta en un compuesto molecular polar. Hay dos categorías de moléculas no polares: compuestos con cero o casi cero momentos dipolares y compuestos con enlaces polares pero con una disposición molecular simétrica.
El pentacloruro de fósforo es un cloruro covalente altamente reactivo del elemento fósforo. La molécula tiene 40 electrones de valencia que se comparten entre un átomo de fósforo y cinco átomos de cloro. Los 10 electrones que rodean al átomo central fósforo, forman cinco enlaces con los átomos de cloro. Los electrones están dispuestos de tal manera que se produce una estructura simétrica. La geometría molecular del pentacloruro de fósforo es bipiramidal trigonal. Aunque los enlaces covalentes creados entre el fósforo y el cloro son polares, la estructura permite que los dipolos se cancelen.
