La presencia de España en la zona se remonta a un asentamiento llamado Santa Cruz de la Mar Pequeña, fundado en 1476. Después de los ataques de los bereberes, los españoles decidieron centrarse en colonizar otras áreas del norte de África y abandonaron la región.
A mediados del siglo XIX, cuando las potencias europeas volvieron a buscar recursos en África, España de repente se interesó por su perdida fortaleza medieval tardía para reclamar la parte sur de Marruecos. Esto sirvió como pretexto para una breve guerra con Marruecos en 1859.
El territorio y su ciudad principal de Sidi Ifni fueron cedidos a España por el Sultanato de Marruecos el 26 de abril de 1860, pero hubo poco interés en esta adquisición colonial hasta 1934, cuando el Gobernador General del Sáhara Español se estableció. El aeropuerto se había convertido en una escala crucial para los vuelos entre la península y las Islas Canarias, y en 1938 la aerolínea Iberia estableció una ruta comercial que unía Sevilla, Larache, Sidi Ifni, Cabo Juby y Gando en Canarias.
Hasta 1952, la región de Ifni tenía el estatus de protectorado. En este año, la región se convirtió en parte de África Occidental Española (entidad que agrupaba las colonias del Sahara Español y el Cabo Juby).
Después de la Guerra Ifni (1957), la mayor parte del territorio fue ocupado de facto por Morocco.In En 1958, la colonia se convirtió en una provincia española con el fin de evitar las críticas de las Naciones Unidas sobre la continuación de la colonización.
Tras un tratado firmado el 4 de enero y ratificado el 22 de abril, España devolvió formalmente el territorio a Marruecos el 30 de junio de 1969.
