En su mayor parte, el ejército Inca estaba organizado de manera muy parecida a nuestro ejército moderno. Basado en unidades decimales, una tropa de diez hombres tenía un cabo, y cinco grupos de diez tenían un sargento. Esta orden continuó con oficiales supervisando grupos de 100, 500, 1.000 y 5.000. El comandante supremo era el sapa inca (emperador). El servicio sobresaliente en el ejército fue recompensado independientemente de la posición social de los guerreros.
El combate cuerpo a cuerpo era la forma más común de lucha. Los incas usaban hachas de batalla y lanzas de cobre, bronce y piedra. Sin embargo, estas armas no eran lo suficientemente afiladas como para penetrar la armadura española. Además, usaron una variedad de palos. El más grande, el porra, requería dos manos. Consistía en un largo mango de madera con una bola de cobre o piedra que tenía cinco o seis puntos sobresalientes. El porra no era capaz de penetrar un casco español. Una de las armas más efectivas que usaban los incas era una honda o warak’a, que lanzaba piedras con tal fuerza que podían romper una espada española en dos. Los incas usaban el arco y la flecha, pero no eran muy precisos y también eran inútiles contra la armadura española.
Los soldados incas tenían entre 25 y 50 años de edad. Todos tenían un extenso entrenamiento militar. Llevaban túnicas de algodón o alpaca, y sus cascos estaban hechos de mimbre. Muchos de los cascos estaban adornados con plumas de colores brillantes. Además, llevaban una armadura de algodón acolchada gruesa.
Los incas se alinearon de acuerdo con el arma que llevaban. Los que portaban armas que podían atacar a distancia se colocaron en la línea del frente. Estos incluían arqueros, lanzadores de honda y lanzadores de jabalina. Fueron seguidos por las tropas con hacha y garrote. Los comandantes militares incas fueron llevados al campo de batalla en camadas. Antes de entrar en batalla, el emperador y sus tropas ayunaron. El ayuno concluyó con una gran fiesta y el consumo de enormes cantidades de cerveza de maíz.
La estrategia militar inca no era complicada. Dividieron sus fuerzas en tres grupos. El primer grupo atacó por el frente, mientras que los otros dos grupos volaron en círculos y atacaron por la retaguardia. Los incas también cortaron los suministros de agua, comunicaciones y alimentos. A medida que los incas se acercaban a sus enemigos, hacían un ruido desgarrador en los oídos. Tocaban cuernos de caracola, silbatos, tocaban tambores, bailaban y gritaban. Esta estrategia asustaría a las fuerzas opuestas. A veces los militares incas añadían a sus arsenales las armas de los países que habían derrotado. Así es como descubrieron la bola que era muy efectiva contra los caballos españoles. La bola era una cuerda con tres piedras unidas, y cuando se lanzaba correctamente podía rodear los brazos y las piernas del enemigo.
