En 1927, Herskovits se mudó a la Universidad Northwestern en Evanston, Illinois, como antropólogo a tiempo completo. En 1928 y 1929, él y su esposa Frances Herskovits hicieron trabajo de campo en Surinam, entre los Saramaka (entonces llamados negros de Bush) y escribieron conjuntamente un libro sobre la gente.
En 1934, Herskovits y su esposa Frances pasaron más de tres meses en la aldea haitiana de Mirebalais, cuyos hallazgos publicó en su libro de 1937 La vida en un valle haitiano. En su momento, esta obra fue considerada una de las representaciones más precisas de la práctica haitiana del Vudú. Detallaron meticulosamente la vida y las prácticas de Vodou de los residentes de Mirebalais durante su estancia de tres meses. Realizaron trabajos de campo en Benin, el Brasil, Haití, Ghana, Nigeria y Trinidad. En 1938, Herskovits estableció el nuevo Departamento de Antropología en Northwestern.
A principios de la década de 1940, Herkovits y su esposa Frances conocieron a Barbara Hadley Stein, quien se encontraba en Brasil para hacer una investigación sobre la abolición de la esclavitud allí. Les presentó a Stanley J. Stein, estudiante de posgrado en Historia latinoamericana en Harvard. Con el consejo de Herkovits, Stein y Stein grabaron canciones negras llamadas jongos, que recientemente han recibido considerable atención académica. Herskovits también influyó en Alan Lomax, quien coleccionaba canciones afroamericanas.
En 1948, Herskovits fundó el primer programa interdisciplinario estadounidense de estudios africanos en la Universidad Northwestern con la ayuda de una beca de tres años y 30.000 dólares de la Fundación Carnegie, seguida de una beca de cinco años de 100.000 dólares de la Fundación Ford en 1951. El Programa de Estudios Africanos fue el primero de su tipo en una institución académica de los Estados Unidos. Los objetivos del programa eran » producir académicos de competencia en sus respectivas materias, que centrarán los recursos de sus campos especiales en el estudio de aspectos de la vida africana relevantes para sus disciplinas.»
La Biblioteca de Estudios Africanos Melville J. Herskovits de la Universidad Northwestern, establecida en 1954, es la colección africana separada más grande del mundo. Hasta la fecha, contiene más de 260.000 volúmenes encuadernados, incluidos 5.000 libros raros, más de 3.000 publicaciones periódicas, revistas y periódicos, colecciones de archivos y manuscritos, 15.000 libros en 300 idiomas africanos diferentes, extensas colecciones de mapas, carteles, vídeos y fotografías, así como recursos electrónicos. En 1957, Herskovits fundó la Asociación de Estudios Africanos y fue el primer presidente de la organización.
El libro de Herskovits El mito del Pasado Negro trata sobre las influencias culturales africanas en los afroamericanos; rechaza la noción de que los afroamericanos perdieron todo rastro de su pasado cuando fueron sacados de África y esclavizados en Estados Unidos. Trazó numerosos elementos expresados en la cultura afroamericana contemporánea que podrían rastrearse hasta las culturas africanas. Herskovits enfatizó la raza como un concepto sociológico, no biológico. También ayudó a forjar el concepto de relativismo cultural, particularmente en su libro El Hombre y Sus obras. Este libro examina en profundidad los efectos de la occidentalización en los africanos de diversas culturas que fueron traídos durante la esclavitud a las Américas, y que luego desarrollaron una cultura afroamericana claramente diferente como producto de este desplazamiento. Como LeRoi Jones ha comentado sobre este texto, algunos creen que la introducción de estos africanos al cristianismo es lo que impulsó tal occidentalización. Los conceptos cristianos cambiaron las narrativas de los esclavos de un énfasis en viajar a casa a sus países africanos de origen a viajar a casa para ver a su Señor, en el Cielo. El desarrollo de las iglesias cristianas afroamericanas, que sirvieron como uno de los únicos lugares para proporcionar a estos pueblos acceso a la movilidad social, estableció aún más una cultura claramente occidental entre los africanos en América. Junto con estas iglesias vinieron los espirituales negros, que se citan como probablemente el primer tipo de música nativa de América hecha por africanos. Sin embargo, el desarrollo de tales espirituales incluyó la influencia directa de las raíces africanas. Esto se hizo evidente en una serie de aspectos de los espirituales, desde la inclusión de líneas de llamada y respuesta y escalas alternativas hasta los variados timbres y ritmos. Todo esto demuestra que las afirmaciones de Herskovits en este libro tienen mucha verdad y precisión con respecto al establecimiento de la identidad afroamericana como descendiente de la africana, y cómo la música jugó en tales cambios.
Herskovits debatió con el sociólogo Franklin Frazier sobre la naturaleza del contacto cultural en el Hemisferio Occidental, específicamente con referencia a africanos, europeos y sus descendientes. Frazier hizo hincapié en cómo los africanos se habían adaptado a su nuevo entorno en las Américas. Herskovits estaba interesado en mostrar elementos de continuidad de las culturas africanas a la comunidad actual.
Después de la Segunda Guerra Mundial, los Herskovits abogaron públicamente por la independencia de las naciones africanas de las potencias coloniales. Criticó fuertemente a los políticos estadounidenses por ver a las naciones africanas como objetos de la estrategia de la Guerra Fría. Frecuentemente llamado como asesor del gobierno, Herskovits sirvió en el Comité de Relaciones Raciales de la Alcaldía de Chicago (1945) y en el Comité de Relaciones Exteriores del Senado de los Estados Unidos (1959-60).
