Ya en el año 782 comenzó la venta de pescado en la zona, gracias a las frías aguas subterráneas disponibles en el sitio, lo que hizo posible mantener el pescado y otras carnes frescas en un lugar cerca del Palacio Imperial de Kioto.
En 1615, por primera vez, el lugar recibió oficialmente el permiso oficial del gobierno de Bakufu para llevar a cabo la venta de pescado, siendo este el primer paso para convertirse en un mercado de renombre que es hoy en día.
En 1883, después de la Restauración Meiji, debido a la fuerte competencia entre establecimientos, el número de tiendas se redujo a solo 7.
En 1911, una nueva asociación que promovía el mercado como un lugar para la venta de pescado y marisco, el mercado vio una renovada vitalidad.
En 1927, se abrió el Mercado Mayorista Central de Kioto y muchas tiendas se trasladaron allí desde el Mercado Nishiki.
En 1928, una nueva asociación promovió la apertura de tiendas que ofrecían frutas, verduras, carnes y otros productos alimenticios. Esto marca el punto desde donde el mercado comenzó a ser conocido como «La cocina de Kioto».
En 1984, se instaló el piso de adoquines actual y en 1993 se instaló el toldo de arcade actual.
En el año 2005 se registró «Nishiki Market» como marca comercial.
