NdeI es una enzima de restricción específica de tipo II que corta secuencias diana específicas abiertas, a diferencia de las exonucleasas. Esta enzima se utiliza en la clonación de genes para cortar marcos de lectura abiertos en el plásmido de ciertas bacterias como E. coli e insertar un gen extraño, como el gen gfpuv que codifica la bio fluorescencia de la medusa Aequorea victoria.
NdeI es útil en la generación de construcción de ADN heterólogo porque contiene el codón de inicio ATG. Por lo tanto, se puede usar en algunos vectores de expresión, como los de la serie de vectores pET, para la ligadura del inicio de un gen al hacer una construcción de expresión. Sin embargo, tenga en cuenta que NdeI genera solo un voladizo de dos bases y, por lo tanto, tiene una temperatura de fusión más baja que otras enzimas de restricción que generan un voladizo de cuatro bases. Tiene una menor eficiencia de ligadura, ya que la ligadura se ve afectada por la capacidad de recocido de los extremos y un voladizo de dos bases tiene una temperatura de fusión significativamente menor en comparación con un voladizo de 4 bases. Por lo tanto, la ligadura de los extremos generados por NdeI se realiza mejor con una concentración de ligasa más alta con un tiempo de ligadura más largo, ya sea a temperatura ambiente, 14-16 ° C o a 4°C.
