En Oct. El 9 de septiembre de 1962, Uganda se independizó, con el Dr. Apollo Milton Obote, un líder Lango de la UPC, como primer ministro. Buganda recibió una autonomía considerable. En 1963, Uganda se convirtió en una república, y Mutesa fue elegido presidente. Los primeros años de independencia estuvieron dominados por una lucha entre el gobierno central y Buganda. En 1966, Obote introdujo una nueva constitución que puso fin a la autonomía de Buganda. Los Baganda protestaron vigorosamente y parecían a punto de tomar las armas cuando Obote capturó el palacio de kabaka en Mengo, obligó a los kabaka a huir del país y terminó con la resistencia efectiva de Baganda.
En 1967 se introdujo una nueva constitución que otorgaba al gobierno central, especialmente al presidente, mucho poder y dividía Buganda en cuatro distritos; también se abolieron las monarquías tradicionales. En 1969, Obote decidió seguir un curso de izquierda con la esperanza de salvar las diferencias étnicas y regionales del país a través de una política social común.
Uganda ha pasado desde entonces por tiempos turbulentos. En Jan., 1971, Obote, en ese momento fuera del país, fue depuesto en un golpe de estado por el General de División Idi Amin. Iba a gobernar el país durante los próximos ocho años.
En 1978, Uganda invadió Tanzania en un intento de anexionarse la región de Kagera. Tanzania lanzó una exitosa contra-invasión en 1979 y unificó efectivamente diferentes fuerzas anti-Amin bajo el Frente de Liberación Nacional de Uganda (FLNU). Las fuerzas de Amin fueron expulsadas y el propio Amin huyó del país.
Uganda iba a tener varios Jefes de Estado bajo la FLNU: el Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa y Paul Muwanga como Presidente de la Comisión Militar.
La UNLF, que sufría de conflictos internos, fue barrida del poder por Milton Obote y su partido, el Congreso del Pueblo de Uganda. El Ejército de Resistencia Nacional (NRA) llevó a cabo campañas de guerrilla en todo el país y, tras la retirada de las tropas tanzanas en 1981, atacó a antiguos partidarios de Amin. A principios de la década de 1980, aproximadamente 200.000 ugandeses buscaron refugio en las vecinas Ruanda, Congo y Sudán. En 1985, un golpe militar depuso a Obote, y el Teniente General Tito Okello se convirtió en Jefe de Estado.
Cuando no se le dio un papel en el nuevo régimen, la NRA continuó su campaña de guerrilla y tomó Kampala en 1986, y su líder, Su Excelencia Yoweri Kaguta Museveni, se convirtió en el nuevo Presidente.
Uganda aprobó una nueva Constitución en octubre de 1995 como ley suprema del país que desde entonces ha sentado las bases para la gobernanza democrática en el país.
