En 1927, Herskovits déménage à l’Université Northwestern à Evanston, dans l’Illinois, en tant qu’anthropologue à temps plein. En 1928 et 1929, lui et sa femme Frances Herskovits ont effectué des travaux de terrain au Suriname, chez les Saramaka (alors appelés Nègres de Brousse) et ont écrit conjointement un livre sur le peuple.
En 1934, Herskovits et sa femme Frances ont passé plus de trois mois dans le village haïtien de Mirebalais, dont il a publié les résultats dans son livre Life in a Haitian Valley en 1937. En son temps, cet ouvrage était considéré comme l’une des représentations les plus précises de la pratique haïtienne du Vodou. Ils ont minutieusement détaillé la vie et les pratiques vodou des habitants de Mirebalais pendant leur séjour de trois mois. Ils ont mené des travaux de terrain au Bénin, au Brésil, en Haïti, au Ghana, au Nigéria et à Trinidad. En 1938, Herskovits a créé le nouveau Département d’anthropologie à Northwestern.
Au début des années 1940, Herkovits et sa femme Frances ont rencontré Barbara Hadley Stein, qui était au Brésil pour y faire des recherches sur l’abolition de l’esclavage. Elle leur a présenté Stanley J. Stein, étudiant diplômé en histoire de l’Amérique latine à Harvard. Avec les conseils de Herkovits, Stein et Stein ont enregistré des chansons noires appelées jongos, qui ont récemment reçu une attention scientifique considérable. Herskovits a également influencé Alan Lomax, qui a collecté des chansons afro-américaines.
En 1948, Herskovits fonde le premier grand programme interdisciplinaire américain d’études africaines à l’Université Northwestern avec l’aide d’une subvention de 30 000year sur trois ans de la Fondation Carnegie, suivie d’une subvention de 100 000 five sur cinq ans de la Fondation Ford en 1951. Le Programme d’études africaines était le premier du genre dans une institution universitaire américaine. Les objectifs du programme étaient de « produire des chercheurs de compétence dans leurs matières respectives, qui concentreront les ressources de leurs domaines spéciaux sur l’étude des aspects de la vie africaine pertinents pour leurs disciplines. »
La Bibliothèque d’études africaines Melville J. Herskovits de l’Université Northwestern, créée en 1954, est la plus grande collection séparée d’Africana au monde. À ce jour, il contient plus de 260 000 volumes reliés, dont 5 000 livres rares, plus de 3 000 périodiques, revues et journaux, collections d’archives et de manuscrits, 15 000 livres dans 300 langues africaines différentes, de vastes collections de cartes, d’affiches, de vidéos et de photographies, ainsi que des ressources électroniques. En 1957, Herskovits fonde l’Association des Études africaines et en est le premier président.
Le livre de Herskovits The Myth of the Negro Past traite des influences culturelles africaines sur les Afro-Américains; il rejette l’idée que les Afro-Américains ont perdu toute trace de leur passé lorsqu’ils ont été pris d’Afrique et réduits en esclavage en Amérique. Il a retracé de nombreux éléments exprimés dans la culture afro-américaine contemporaine qui pourraient être attribués aux cultures africaines. Herskovits a souligné la race comme un concept sociologique et non biologique. Il a également contribué à forger le concept de relativisme culturel, en particulier dans son livre L’Homme et ses œuvres. Ce livre examine en profondeur les effets de l’occidentalisation sur les Africains de diverses cultures qui ont été amenés pendant l’esclavage aux Amériques, et qui ont ensuite développé une culture afro-américaine distinctement différente en tant que produit de ce déplacement. Comme LeRoi Jones l’a commenté sur ce texte, certains pensent que l’introduction de ces Africains au christianisme est ce qui a propulsé une telle occidentalisation. Les concepts chrétiens ont déplacé les récits d’esclaves d’un accent mis sur le voyage chez eux dans leurs pays d’origine africains à un voyage chez eux pour voir leur Seigneur, au Ciel. Le développement des églises chrétiennes afro-américaines, qui ont été l’un des seuls endroits à fournir à ces peuples un accès à la mobilité sociale, a encore établi une culture nettement occidentale parmi les Africains d’Amérique. Avec ces églises sont venus les Negro spirituals, qui sont cités comme probablement le premier type de musique originaire d’Amérique faite par des Africains. Néanmoins, le développement de ces spirituals comprenait une influence directe des racines africaines. Cela est devenu évident dans un certain nombre d’aspects des spirituels, de l’inclusion de lignes d’appel et de réponse et d’échelles alternées aux timbres et rythmes variés. Tout cela montre que les affirmations de Herskovits dans ce livre portent beaucoup de vérité et d’exactitude en ce qui concerne l’établissement de l’identité afro-américaine en tant que descendante de celle de l’Africain, et comment la musique a joué dans de tels changements.
Herskovits a débattu avec le sociologue Franklin Frazier de la nature du contact culturel dans l’hémisphère occidental, en particulier en ce qui concerne les Africains, les Européens et leurs descendants. Frazier a souligné comment les Africains s’étaient adaptés à leur nouvel environnement dans les Amériques. Herskovits était intéressé à montrer des éléments de continuité des cultures africaines dans la communauté actuelle.
Après la Seconde Guerre mondiale, Herskovits a publiquement prôné l’indépendance des nations africaines des puissances coloniales. Il a vivement critiqué les politiciens américains pour avoir considéré les nations africaines comme des objets de stratégie de la guerre froide. Fréquemment appelé comme conseiller du gouvernement, Herskovits a siégé au Comité du maire sur les relations raciales à Chicago (1945) et au Comité des relations étrangères du Sénat américain (1959-60).
