NdeI est une enzyme de restriction spécifique de type II qui coupe des séquences cibles spécifiques ouvertes, contrairement aux exonucléases. Cette enzyme est utilisée dans le clonage de gènes pour couper des cadres de lecture ouverts dans le plasmide de certaines bactéries telles que E. coli et insérer un gène étranger, tel que le gène gfpuv qui code la bio fluorescence de la gélatine Aequorea victoria.
NdeI est utile pour générer une construction d’ADN hétérologue car il contient le codon de départ ATG. Il peut donc être utilisé dans certains vecteurs d’expression, tels que ceux de la série de vecteurs pET, pour la ligature du début d’un gène lors de la réalisation d’une construction d’expression. Notez cependant que NdeI ne génère qu’un porte-à-faux à deux bases et a donc une température de fusion plus basse que les autres enzymes de restriction qui génèrent un porte-à-faux à quatre bases. Il a une efficacité de ligature inférieure, car la ligature est affectée par la capacité des extrémités à recuire et un porte-à-faux à deux bases a une température de fusion nettement inférieure à celle d’un porte-à-faux à 4 bases. La ligature des extrémités générées par les NdeI est donc mieux réalisée avec une concentration de ligase plus élevée avec un temps de ligature plus long, que ce soit à température ambiante, 14-16 ° C, ou à 4 ° C
