Le Oct. 9, 1962, l’Ouganda est devenu indépendant, avec le Dr Apollo Milton Obote, un dirigeant Lango de l’UPC, comme premier ministre. Buganda a reçu une autonomie considérable. En 1963, l’Ouganda est devenu une république et Mutesa a été élu président. Les premières années de l’indépendance ont été dominées par une lutte entre le gouvernement central et le Buganda. En 1966, Obote a présenté une nouvelle constitution qui a mis fin à l’autonomie du Buganda. Les Baganda ont protesté vigoureusement et semblaient sur le point de prendre les armes lorsque Obote s’est emparé du palais des kabaka à Mengo, a forcé les kabaka à fuir le pays et a mis fin à une résistance efficace des Baganda.
En 1967, une nouvelle constitution a été introduite donnant au gouvernement central — en particulier au président — beaucoup de pouvoir et divisant le Buganda en quatre districts; les royaumes traditionnels ont également été abolis. En 1969, Obote décide de suivre une orientation de gauche dans l’espoir de combler les différences ethniques et régionales du pays par une politique sociale commune.
L’Ouganda a depuis traversé des périodes turbulentes. En Janvier., 1971, Obote, à l’époque à l’extérieur du pays, a été déposé lors d’un coup d’État par le général de division Idi Amin. Il devait diriger le pays pendant les huit prochaines années.
En 1978, l’Ouganda envahit la Tanzanie pour tenter d’annexer la région de Kagera. La Tanzanie a lancé une contre-invasion réussie en 1979 et a efficacement unifié différentes forces anti-Amin sous le Front de Libération nationale de l’Ouganda (FLNU). Les forces d’Amin ont été chassées et Amin lui-même a fui le pays.
L’Ouganda devait avoir plusieurs chefs d’État sous la UNLF : Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa et Paul Muwanga en tant que président de la Commission militaire.
L’UNLF, en proie à des conflits internes, a été chassée du pouvoir par Milton Obote et son parti, le Congrès du peuple ougandais. L’Armée nationale de résistance (NRA) a mené des campagnes de guérilla dans tout le pays et, après le retrait des troupes tanzaniennes en 1981, a attaqué d’anciens partisans de l’Amin. Au début des années 1980, environ 200 000 Ougandais ont cherché refuge au Rwanda, au Congo et au Soudan voisins. En 1985, un coup d’État militaire a déposé Obote et le lieutenant-général Tito Okello est devenu chef de l’État.
Quand elle n’a pas eu de rôle dans le nouveau régime, la NRA a poursuivi sa campagne de guérilla et a pris Kampala en 1986, et son chef, S.E. Yoweri Kaguta Museveni, est devenu le nouveau président.
L’Ouganda a adopté une nouvelle Constitution en octobre 1995 en tant que loi suprême du pays qui a depuis établi les bases d’une gouvernance démocratique dans le pays.
