Fowler était membre d’un groupe minoritaire qui possédait 49,32% des Padres. Le groupe, dirigé par Jeff Moorad, alors directeur général des Padres, a tenté d’acheter les Padres au propriétaire contrôlant John Moores pour 530 millions de dollars, mais l’accord a échoué en avril 2012. Fowler a ensuite remplacé Moorad en tant que commandité du groupe minoritaire, et il a siégé au comité exécutif des Padres.
Fowler a rejoint un nouveau groupe pour acheter les Padres qui comprenait quatre héritiers de la famille O’Malley – propriétaire de la franchise des Dodgers de Los Angeles pendant cinq décennies. Kevin et Brian O’Malley sont les fils de l’ancien propriétaire des Dodgers Peter O’Malley et les petits-fils de Walter O’Malley, le propriétaire qui a déménagé les Dodgers à l’ouest de Brooklyn après la saison 1957. Peter et Tom Seidler sont les neveux de Peter O’Malley. La MLB a approuvé la vente de 800 millions de dollars, qui s’est achevée le 28 août 2012. Jusqu’à 200 millions de dollars du prix de vente incluaient la participation de 20% de l’équipe dans Fox Sports San Diego, une chaîne câblée qui paie les frais annuels des Padres dans le cadre d’un accord de 1,2 milliard de dollars sur 20 ans. Fowler a été nommé président exécutif du groupe de propriété et a été désigné pour représenter les Padres à toutes les réunions de la ligue. Il est devenu le premier responsable local de l’équipe depuis le propriétaire fondateur C. Arnholdt Smith. Sous le groupe Fowler / Siedler / O’Malley, les Padres ont signé des contrats de 3 joueurs qui ont battu le précédent contrat record de la franchise, donnant 6 ans et 83 millions de dollars à Wil Myers en janvier 2017, 8 ans et 144 millions de dollars à Eric Hosmer en février 2018, et 10 ans et 300 millions de dollars à Manny Machado en février 2019.
Le 18 novembre 2020, la MLB a approuvé le transfert du rôle de président à Peter Seidler, qui a acheté une participation dans l’équipe à Fowler pour en devenir le plus grand actionnaire. Fowler reste avec l’équipe en tant que vice-président.
