Nommer un nouveau gène? C’est une bonne idée de vérifier au Sanger Centre pombe genome project pour voir si votre désignation de gène est déjà prise. Vous pouvez également réserver un nom de gène pour un locus particulier avant la publication. Les chercheurs sont invités à utiliser le registre des gènes pour réserver des noms, proposer des changements de noms ou contacter le GNC (gene nomenclature committee). Le GNC traitera des noms en double, des désignations non standard et d’autres problèmes de ce type. Il révisera également les règles de nomenclature au besoin pour s’assurer qu’elles sont à jour. Accédez au comité via le site ci-dessus.
Règles de nomenclature générale : Les noms de gènes de levure de fission sont généralement exprimés en trois lettres, en italique, suivis d’un nombre et d’un plus pour le type sauvage (cdc19+; le plus doit être mis en suscrit dans le texte normal). Chez les mutants, le plus est remplacé par une désignation d’allèle (cdc19-P1). Les désignations des allèles varient considérablement en format; certaines sont des lettres, d’autres des chiffres, d’autres un mélange.
La plupart des chercheurs indiquent des suppressions avec un Δ (delta). Par exemple, une perturbation de votre gène préféré yfg1+ avec ura4+ est écrite Δ yfg1::ura4+ dans une table de souches appropriée, bien que les gens utilisent souvent Δ yfg1 ou yfg1 Δ comme main courte dans le texte. Récemment, yfg1 Δ est devenu la désignation préférée. Pour les allèles de délétion construits sans insertion, certains utilisent une désignation d’allèle commençant par D; par exemple, ura4-D18 est une délétion d’ura4+. Cependant, vous ne pouvez pas être sûr qu’un « D » dans une désignation d’allèle est toujours une suppression, alors soyez prudent et lisez la littérature. Il est fortement encouragé par certains que les allèles de suppression reçoivent une désignation d’allèle unique, par exemple yfg1-D1::ura4 +, mais ce n’est pas typique. Cependant, dans plusieurs cas, le même gène a été perturbé dans différents laboratoires, et les phénotypes varient selon la construction précise. Sans identifiant unique pour l’allèle d’un laboratoire donné, cela a conduit à une confusion considérable dans la littérature.
Le :: (double côlon) est utilisé pour indiquer une insertion dans le génome. Il n’a pas besoin de correspondre à une suppression/perturbation, par exemple, marquer un locus en intégrant un marqueur en aval serait indiqué yfg1+::leu1+ ou yfg1+::pAB123. Généralement, ce qui précède le :: est le locus, et vous devez indiquer s’il est de type sauvage ou mutant; ce qui suit le :: est ce qui a été intégré, et vous devez également l’identifier. Dans certains cas, les gens utilisent un seul deux-points: pour indiquer une insertion, et un double deux-points:: pour indiquer un remplacement / une perturbation.
Les protéines sont indiquées par le texte romain. Dans la littérature plus ancienne, cela a été suivi d’un p annexé (par exemple, Cdc19p). Le p est particulièrement utile pour les personnes non levures qui ne connaissent peut-être pas les conventions de type romain contre italique, mais il est tombé en disgrâce. Pour compliquer encore la vie, la nomenclature des levures en herbe est différente: les noms des gènes de type sauvage sont en majuscules italiques (LEU2), les mutants (sauf dominants) sont en minuscules (leu2-3) et les noms des protéines sont en texte romain (LEU2 ou Leu2).
