a költség-haszon elemzés elveinek alkalmazása az erőforrás-elosztás valós problémáira különös figyelmet kell fordítani annak biztosítására, hogy a költség-haszon technika alapját képező jóléti gazdasági elméletet betartsák. Jelentős problémák merülnek fel, amikor a költségeket és a hasznokat felcserélhető módon használják fel a Program jó és rossz tulajdonságainak ábrázolására. Ezenkívül egymást kölcsönösen kizáró projektek esetén az egyes projektek nettó hasznára (vagy költség-haszon arányára) való összpontosítás, szemben a költségvetésben szereplő források felhasználásának nettó előnyeivel, a projektek árnyékárának elfogult becsléséhez, következésképpen az elemzői következtetések hibáihoz vezethet. Ennek eredményeként az egyes projektek gazdasági értékelése nem közvetlenül releváns a különböző méretű, egymást kölcsönösen kizáró projektek közötti választáshoz. Mindkét problématípust szemlélteti mind az egyszerű példák, mind az egészségügyi technikák közzétett gazdasági értékelése. Az Integer programozást az egymást kölcsönösen kizáró projektek közötti kiválasztási módszerként javasolják és mutatják be.
