a spanyol Alkirályságok Amerikában néha konfliktusokat okoztak az őslakos népek (‘bennszülöttek’ vagy ‘indiánok’) és a spanyol gyarmatosítók között. A spanyolok megpróbálták ellenőrizni az őslakosokat, hogy kényszerítsék munkájukat. Ugyanakkor konfliktusok merültek fel a politika és a végrehajtás terén az encomenderos és a korona között.
A 16.században kiadott két fő törvénykészlet szabályozta a spanyol interakciót az őslakos népekkel, amely kérdésről a korona hamarosan aggódott nem sokkal Kolumbusz Kristóf és kormányzósága útjai után. Burgos törvényei (1512), amelyet király írt alá Ferdinánd II Aragóniai, a meghódított őslakos népek jólétére összpontosított. A kérdést felülvizsgálták, miután Bartolom de las Casas felhívta a figyelmet az encomenderos által elkövetett visszaélésekre. Burgos törvényeit az I. Carlos által kiadott 1542-es új törvények felülvizsgálták, majd 1552-ben ismét gyorsan felülvizsgálták, miután a törvények ellenálltak a gyarmatosítóknak. Ezeket követték az 1573-as felfedezésekről szóló rendeletek, amelyek megtiltották a független őslakos amerikaiak elleni jogosulatlan műveleteket.
a valladolidi vita (1550-1551) volt az első erkölcsi vita az európai történelemben, amely a gyarmatosítók által a gyarmatosított népekkel szembeni jogokról és bánásmódról szólt. A spanyol Valladolid városában, a Colegio de San Gregorio – ban tartott erkölcsi és teológiai vita az Amerika gyarmatosításáról, a katolicizmusra való áttérés indoklásáról, pontosabban az európai telepesek és az Újvilág őslakosai közötti kapcsolatokról szólt. Számos ellentétes nézetből állt, amelyek a bennszülöttek gyarmati életbe való integrálásáról, a kereszténységre való áttérésükről, valamint jogaikról és kötelezettségeikről szóltak. Jean Dumont francia történész szerint a valladolidi vita a világtörténelem egyik fő fordulópontja volt”abban a pillanatban Spanyolországban megjelent az emberi jogok hajnala”.
a presidios (katonai városok), a missziók és a pueblos (polgári városok) létrehozásának irányítására és szabályozására II.Fülöp király kifejlesztette az indiai törvények első változatát. Ez az átfogó útmutató 148 rendeletből állt, hogy segítse a telepeseket a települések felkutatásában, építésében és benépesítésében. Ezeket a szertartásokat egész Dél-Amerikának, Közép-Amerikának, Mexikónak és az Amerikai Amerikai Nyugatnak nevezik. Kodifikálták a várostervezési folyamatot, és képviselték az általános terv első kísérleteit. Az 1573-ban aláírt indiai törvények az első széles körű iránymutatások a közösségek tervezésére és fejlesztésére. Ezeket a törvényeket erősen befolyásolta Vitruvius tíz építészeti könyve és Leon Battista Alberti értekezése a témában.