az inkák hadserege nagyrészt a modern hadseregünkhöz hasonlóan szerveződött. Tizedes egységek alapján egy tízfős csapatnak tizedese volt, öt tízfős csoportnak pedig őrmestere. Ez a parancs folytatódott a 100, 500, 1000 és 5000 fős csoportok felügyeletével. A végső parancsnok a sapa inca (császár) volt. A katonaság kiemelkedő szolgálatát a harcosok társadalmi helyzetétől függetlenül jutalmazták.
a kéz-kéz harc volt a harc leggyakoribb formája. Az inkák rézből, bronzból és kőből készült csatabárdokat és lándzsákat használtak. Ezek a fegyverek azonban nem voltak elég élesek ahhoz, hogy behatoljanak a spanyol Páncélba. A klubok választékát is használták. A legnagyobb, a porra, két kézre volt szükség. Hosszú, fából készült fogantyúból állt, réz vagy kő golyóval, amelynek öt vagy hat kiálló pontja volt. A porra nem volt képes behatolni egy spanyol sisakba. Az inkák egyik leghatékonyabb fegyvere a parittya vagy a warak ‘ a volt.olyan erővel dobta a sziklákat, hogy ketté tudtak törni egy spanyol kardot. Az inkák használták az íjat és a nyílvesszőt, de nem voltak túl pontosak, és a spanyol páncélzattal szemben is haszontalanok voltak.
az Inka katonák 25 és 50 év közöttiek voltak. Mindannyian kiterjedt katonai kiképzésben részesültek. Pamut vagy alpaka tunikát viseltek, sisakjuk fonott volt. Sok sisakot élénk színű tollak díszítettek. Emellett vastag steppelt pamut páncélt viseltek.
az inkák a fegyverük szerint sorakoztak fel. Azok, akik olyan fegyvereket hordoztak, amelyek távolról sztrájkolhatnak, a frontvonalra kerültek. Ezek közé tartoztak az íjászok, a parittya dobók és a gerelyhajítók. Őket követte a balta és a klub hadonászó csapatok. Az Inka katonai parancsnokokat alomban vitték fel a csatatérre. A csata előtt a császár és csapatai böjtöltek. A böjt hatalmas lakomával és hatalmas mennyiségű kukoricasör fogyasztásával zárult.
az Inka katonai stratégia nem volt bonyolult. Erőiket három csoportra osztották. Az első csoport frontról támadott, míg a másik két csoport hátulról támadott. Az inkák megszakították a vízellátást, a kommunikációt és az élelmiszerellátást is. Ahogy az inkák közeledtek ellenségeikhez, fülbemászó zajt csaptak. Kagylószarvakat fújtak, sípokat fújtak, dobokat vertek, táncoltak és kiabáltak. Ez a stratégia megijesztené az ellentétes erőket. Néha az Inka hadsereg hozzáadta arzenáljához azoknak az országoknak a fegyvereit, amelyeket legyőztek. Így fedezték fel a bolát, amely nagyon hatékony volt a spanyol lovak ellen. A bola egy kötél volt, amelyhez három kő volt rögzítve, és ha helyesen dobták, akkor körülvehette az ellenség karjait és lábait.