1927-ben Herskovits költözött Északnyugati Egyetem ban ben Evanston, Illinois mint főállású antropológus. 1928-ban és 1929-ben feleségével, Frances Herskovits-szal terepmunkát végeztek Suriname-ban, a Szaramaka (akkor Bush négerek) között, és közösen írtak egy könyvet az emberekről.
1934-ben Herskovits és felesége, Frances több mint három hónapot töltött a Haiti Mirebalais faluban, amelynek eredményeit 1937-es könyvében publikálta élet egy Haiti völgyben. A maga idejében ezt a munkát a Haiti Vodou gyakorlatának egyik legpontosabb ábrázolásának tartották. Aprólékosan részletezték Mirebalais lakosainak életét és Vodou gyakorlatát három hónapos tartózkodásuk alatt. Terepmunkát végeztek Beninben, Brazíliában, Haitin, Ghánában, Nigériában és Trinidadban. 1938-ban Herskovits megalapította az új antropológiai tanszéket északnyugaton.
az 1940-es évek elején Herkovits és felesége, Frances találkozott Barbara Hadley Steinnel, aki Brazíliában volt, hogy a rabszolgaság eltörlésével kapcsolatos kutatásokat végezzen. Bemutatta nekik Stanley J-T. Stein, a latin-amerikai történelem végzős hallgatója a Harvardon. Herkovits tanácsával Stein és Stein fekete dalokat rögzített jongos néven, amelyek a közelmúltbanjelentős tudományos figyelmet kaptak. Herskovits is befolyásolta Alan Lomaxot,aki afro-amerikai dalokat gyűjtött.
1948-ban Herskovits megalapította az első nagy interdiszciplináris Amerikai programot az afrikai tanulmányokban Északnyugati Egyetem a Carnegie Alapítvány hároméves, 30 000 dolláros támogatásával, majd a Ford Alapítvány ötéves 100 000 dolláros támogatásával 1951-ben. Az Afrikai Tanulmányok programja volt az első ilyen jellegű az Egyesült Államok tudományos intézményében. A program célja az volt, hogy “kompetens tudósokat állítson elő saját tantárgyaikban, akik speciális területeik erőforrásait az afrikai élet tudományágaik szempontjából releváns aspektusainak tanulmányozására összpontosítják.”
az Északnyugati Egyetem Melville J. Herskovits Afrikai Tanulmányok Könyvtára, amelyet 1954-ben alapítottak, a világ legnagyobb különálló afrikai gyűjteménye. A mai napig több mint 260 000 kötött kötetet tartalmaz, köztük 5000 ritka könyvet, több mint 3000 folyóiratot, folyóiratot és újságot, levéltári és kéziratos gyűjteményeket, 15 000 könyvet 300 különböző afrikai nyelven, kiterjedt térképgyűjteményeket, plakátokat, videókat és fényképeket, valamint elektronikus forrásokat. 1957-ben Herskovits megalapította az Afrikai Tanulmányok Szövetségét, és a szervezet első elnöke volt.
Herskovits könyve a Néger múlt mítosza az Afroamerikaiakra gyakorolt afrikai kulturális hatásokról szól; elutasítja azt az elképzelést, hogy az afroamerikaiak elvesztették múltjuk minden nyomát, amikor Afrikából elvitték őket és rabszolgává tették Amerikában. A kortárs afro-amerikai kultúrában kifejezett számos elemet nyomon követett, amelyek az afrikai kultúrákra vezethetők vissza. Herskovits hangsúlyozta a versenyt mint szociológiai fogalmat, nem pedig biológiai fogalmat. Segített a kulturális relativizmus fogalmának kialakításában is, különösen Man and his Works című könyvében. Ez a könyv alaposan megvizsgálja a nyugatiasodás különböző kultúrájú afrikaiakra gyakorolt hatásait, akiket rabszolgaság alatt hoztak Amerikába, és akik ezt követően egy teljesen eltérő afro-amerikai kultúrát fejlesztettek ki ennek az elmozdulásnak a eredményeként. Ahogy LeRoi Jones kommentálta ezt a szöveget, egyesek úgy vélik, hogy ezeknek az afrikaiaknak a kereszténységbe való bevezetése ösztönözte az ilyen nyugatiasodást. A keresztény fogalmak a rabszolga-narratívákat az afrikai származási országukba való hazautazásról a hazautazásra helyezték át, hogy meglátogassák urukat, a mennyben. Az afro-amerikai keresztény egyházak fejlődése, amely az egyetlen hely volt, amely hozzáférést biztosított ezeknek a népeknek a társadalmi mobilitáshoz, tovább erősítette a kifejezetten nyugati kultúrát az amerikai afrikaiak körében. Ezekkel az egyházakkal együtt jöttek Néger spirituálisok, amelyeket valószínűleg az első Amerikában őshonos zenének neveznek, amelyet afrikaiak készítettek. Ennek ellenére az ilyen spirituálisok fejlődése magában foglalta az afrikai gyökerek közvetlen befolyását. Ez nyilvánvalóvá vált a spirituálisok számos aspektusában, a hívás-és válaszvonalak és az alternatív skálák beépítésétől a változatos hangszínekig és ritmusokig. Mindez azt mutatja, hogy Herskovits állításai ebben a könyvben sok igazságot és pontosságot hordoznak az afro-amerikai identitás mint az afrikai leszármazottja megalapozásával kapcsolatban, és hogyan játszott a zene ilyen változásokba.
Herskovits vitatkozott Franklin Frazier szociológussal a kulturális kapcsolatok természetéről a nyugati féltekén, különös tekintettel az afrikaiakra, az európaiakra és leszármazottaikra. Frazier hangsúlyozta, hogy az afrikaiak hogyan alkalmazkodtak új környezetükhöz Amerikában. Herskovits érdekelt volt a folytonosság elemeinek bemutatásában az afrikai kultúráktól a jelenlegi közösségig.
a második világháború után Herskovits nyilvánosan támogatta az Afrikai Nemzetek függetlenségét a gyarmati hatalmaktól. Erősen bírálta az amerikai politikusokat, amiért az afrikai nemzeteket a hidegháborús stratégia tárgyainak tekintik. Herskovits gyakran a kormány tanácsadójaként szolgált Chicagóban (1945) és az Egyesült Államok Szenátusának Külkapcsolati bizottságában (1959-60).
