NdeI egy specifikus II típusú restrikciós enzim, amely az exonukleázokkal ellentétben levágja a nyitott specifikus célszekvenciákat. Ezt az enzimet használják a génklónozáshoz, hogy bizonyos baktériumok, például az E. coli plazmidjában nyitott leolvasási kereteket vágjanak be, és egy idegen gént, például a gfpuv gént, amely az Aequorea victoria zselés hal bio fluoreszcenciáját kódolja.
az NdeI hasznos heterológ DNS-konstrukció előállításában, mert tartalmazza az ATG start kodont. Ezért felhasználható egyes expressziós vektorokban, például a pET Vektorok sorozatában, egy gén kezdetének lekötésére, amikor expressziós konstrukciót készítünk. Vegye figyelembe azonban, hogy az NdeI csak kétbázisú túlnyúlást generál, ezért alacsonyabb olvadási hőmérséklete van, mint más restrikciós enzimeknél, amelyek négybázisú túlnyúlást generálnak. Alacsonyabb ligálási hatékonysággal rendelkezik, mivel a ligálást befolyásolja a végek lágyulási képessége, és a két bázisú túlnyúlás olvadási hőmérséklete lényegesen alacsonyabb, mint a 4 bázisú túlnyúlás. Az NdeI által generált végek lekötése tehát a legjobban magasabb ligázkoncentrációval, hosszabb lekötési idővel végezhető el, akár szobahőmérsékleten, 14-16 kb, akár 4 KB C.
