Pombe Technology

új gén megnevezése? Ez egy jó ötlet, hogy ellenőrizze a Sanger Center pombe genome project látni, hogy a gén megjelölés már megtette. A közzététel előtt fenntarthat egy génnevet egy adott lokuszhoz is. A nyomozókat arra ösztönzik, hogy használják a génnyilvántartást a nevek fenntartására, a névváltoztatások javasolására vagy a GNC (génnómenklatúra Bizottság). A GNC foglalkozik az ismétlődő nevekkel, a nem szabványos megnevezésekkel és más hasonló kérdésekkel. Szükség szerint felül fogja vizsgálni a nómenklatúra szabályait is annak érdekében, hogy azok naprakészek legyenek. Nyissa meg a Bizottságot a fenti oldalon keresztül.
Általános nómenklatúra-szabályok: a hasadási élesztő génneveit általában három betűvel, dőlt névvel, majd számmal fejezik ki, a vad típusnál pedig pluszként (cdc19+; a pluszt normál szövegben felül kell írni). Mutánsokban a plusz helyébe egy alléljelzés lép (cdc19-P1). Az allél megnevezések formátumban nagyon eltérőek; néhány betű, néhány szám, néhány keverék.
a legtöbb nyomozó Δ (delta) deléciót jelez. Például a kedvenc yfg1 + génjének megzavarása ura4+ esetén Δ yfg1::ura4+ van írva egy megfelelő törzstáblázatban, bár az emberek gyakran használják Δ yfg1 vagy yfg1Δ rövid kézként a szövegben. A közelmúltban az yfg1Δ lett az előnyben részesített megnevezés. A beillesztés nélkül felépített deléciós allélokhoz egyesek D-vel kezdődő allélmegjelölést használnak; például ura4-D18 az ura4+törlése. Azonban nem lehet biztos abban, hogy az allélmegjelölésben szereplő “D” mindig törlés, ezért óvatosan olvassa el a szakirodalmat. Egyesek erősen ösztönzik, hogy a deléciós allélek egyedi allélmegjelölést kapjanak, például yfg1-D1::ura4+, de ez nem jellemző. Számos esetben azonban ugyanazt a gént különböző laboratóriumokban megszakították, és a fenotípusok a pontos konstrukciótól függően változnak. Egy adott labor alléljának egyedi azonosítója nélkül ez jelentős zavart okozott az irodalomban.
a:: (kettős vastagbél) a genomba történő beillesztés jelzésére szolgál. Nem kell megfelelnie egy törlésnek/megszakításnak, például egy lókusz megjelölése egy marker downstream integrálásával yfg1+::leu1+ vagy yfg1+::pAB123. Általában, ami a :: előtt jön, az a lokusz, és meg kell jelölni, hogy vad típusú vagy mutáns; ami a :: után jön, az az, ami integrálódott, és azt is meg kell határozni. Bizonyos esetekben az emberek egyetlen kettőspontot használnak: a beillesztés jelzésére, a kettős kettőspontot pedig:: a csere/zavar jelzésére.
a fehérjéket római szöveg jelzi. A régebbi irodalomban ezt egy csatolt p (pl. Cdc19p) követte. A p különösen hasznos nem élesztő emberek számára, akik esetleg nem ismerik a római versus dőlt típusú konvenciókat, de nem részesült előnyben. Az élet további bonyolítása érdekében A kezdő élesztő nómenklatúra más: a wildtype génnevek dőlt nagybetűvel (LEU2), a mutánsok (kivéve, ha dominánsak) kisbetűvel (leu2-3), a fehérjenevek pedig római szöveggel (leu2 vagy Leu2) vannak.



+