Fowler egy kisebbségi csoport tagja volt, amely a Padres 49,32 százalékát birtokolta. A Padres akkori vezérigazgatója, Jeff Moorad vezetésével a csoport megpróbálta megvásárolni a Padres-t az irányító tulajdonostól John Moores 530 millió dollárért, de az üzlet 2012 áprilisában megbukott. Ezután Fowler Mooradot váltotta a kisebbségi csoport általános partnereként,ő pedig a Padres végrehajtó bizottság.
Fowler csatlakozott egy új csoporthoz, hogy megvásárolja a Padres—t, amelyben az O ‘ Malley család négy örököse volt-akik öt évtizeden át birtokolták a Los Angeles Dodgers franchise-t. Kevin és Brian O ‘Malley a Dodgers korábbi tulajdonosának, Peter O’ Malleynek a fiai, valamint Walter O ‘ Malley unokái, aki az 1957-es szezon után a Dodgers-t Brooklynból nyugatra költöztette. Peter és Tom Seidler Peter O ‘ Malley unokaöccsei. MLB jóváhagyta a $800 millió eladó, amely befejeződött augusztus 28, 2012. Az eladási árból akár 200 millió dollár is beletartozott a csapat 20 százalékos részesedésébe Fox Sports San Diego, egy kábelcsatorna, amely 1,2 milliárd dolláros, 20 éves megállapodás részeként fizeti a Padres éves díjait. Fowlert nevezték ki a tulajdonosi csoport ügyvezető elnökévé, és kinevezték a Padres képviseletére az összes bajnoki találkozón. C. Arnholdt Smith alapító tulajdonos óta ő lett a csapat első helyi irányító személye. A Fowler/Siedler/O ‘ Malley csoport alatt a Padres 3 játékost írt alá olyan szerződésekre, amelyek legyőzték a korábbi franchise-rekordszerződést, 6 évet és 83 millió dollárt adva Wil Myersnek 2017 januárjában, 8 évet és 144 millió dollárt Eric Hosmernek 2018 februárjában, és 10 évet és 300 millió dollárt Manny Machadónak 2019 februárjában.
18.November 2020-án az MLB jóváhagyta, hogy Fowler átruházza az elnök szerepét Peter Seidlerre, aki részesedést vásárolt a csapatban Fowlertől, hogy a legnagyobb érdekelt fél legyen. Fowler a csapatnál marad alelnökként.
