Okt. 9, 1962, Uganda függetlenné vált, Dr. Apollo Milton Obote, a lango vezetője UPC, mint miniszterelnök. Buganda jelentős autonómiát kapott. 1963-ban Uganda köztársasággá vált, Mutesát pedig elnökké választották. A függetlenség első éveit a központi kormány és Buganda közötti harc uralta. 1966-ban Obote új alkotmányt vezetett be, amely véget vetett Buganda autonómiájának. A Baganda erőteljesen tiltakozott, és úgy tűnt, hogy a fegyverkezés küszöbén áll, amikor Obote elfoglalta a kabaka palotáját Mengóban, arra kényszerítette a kabakát, hogy elmeneküljön az országból, és véget vetett a hatékony Baganda ellenállásnak.
1967—ben új alkotmányt vezettek be, amely nagy hatalmat adott a központi kormánynak—különösen az elnöknek -, és négy körzetre osztotta Bugandát; a hagyományos királyságokat is megszüntették. 1969-ben Obote úgy döntött, hogy baloldali irányt követ, abban a reményben, hogy az ország etnikai és regionális különbségeit közös szociálpolitikával áthidalja.
Uganda azóta viharos időket élt át. Januárban., 1971, Obote, abban az időben az országon kívül, Idi Amin vezérőrnagy puccsal leváltotta. A következő nyolc évben ő irányította az országot.
1978-ban Uganda megtámadta Tanzániát, hogy megpróbálja annektálni a Kagera régiót. Tanzánia 1979-ben sikeres ellentámadást indított, és hatékonyan egyesítette a különböző anti-Amin erőket Az Ugandai Nemzeti Felszabadítási Front (UNLF) alatt. Amin erőit kiűzték, Amin maga elmenekült az országból.
Ugandának több államfővel kellett rendelkeznie az UNLF alatt: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa és Paul Muwanga, mint a Katonai Bizottság elnöke.
a belső viszályoktól szenvedő UNLF-et Milton Obote és pártja, az ugandai Népi Kongresszus söpörte ki a hatalomból. A Nemzeti Ellenállási hadsereg (NRA) gerillakampányokat folytatott az egész országban, és a tanzániai csapatok 1981-es kivonulását követően megtámadta az Amin korábbi támogatóit. Az 1980-as évek elején körülbelül 200 000 ugandai keresett menedéket a szomszédos Ruandában, Kongóban és Szudánban. 1985-ben egy katonai puccs leváltotta Obotét, és Tito Okello altábornagy lett az államfő.
amikor nem kapott szerepet az új rezsimben, az NRA folytatta gerillakampányát és 1986-ban elfoglalta Kampalát, vezetője, Őexcellenciája, Kaguta Museveni lett az új elnök.
Uganda 1995 októberében új alkotmányt fogadott el a föld Legfelsőbb törvényeként, amely azóta megalapozta az ország demokratikus kormányzását.
