早ければ782年には、京都御所に近い場所で魚や肉を新鮮に保つことができたため、この地域で魚の販売が始まりました。
1615年、幕府から初めて魚の販売を正式に許可され、これが今日の有名な市場になるための第一歩となっています。
明治維新後の1883年には、店舗間の競争が激化したため、店舗数はわずか7店舗に減少した。
1911年、魚介類の販売の場として市場を推進する新しい協会が発足したことにより、市場は新たな活力を取り戻しました。
1927年には京都の中央卸売市場がオープンし、錦市場から多くの店舗が移転しました。
1928年、新協会は果物、野菜、肉などの食品を提供する店の開店を促進しました。 これは、市場が”京都の台所”として知られるようになった点を示しています。
1984年には現在の石畳の床が設置され、1993年には現在のアーケードの天蓋が設置された。
2005年に”錦市場”が商標として登録されました。
