ハウスマウス(Mus musculus)は、齧歯目の小さな哺乳類で、特徴的に尖った鼻、小さな丸い耳、長い裸またはほとんど毛のない尾を有する。 これは、ムス属の最も豊富な種の一つです。 野生動物ですが、家のマウスは主に人間と関連して住んでいます。家のマウスはペットか空想のマウスと生物学および医学の最も重要なモデル有機体の1つである実験室のマウスとして飼いならされました。
2017年9月にGenome Reference Consortiumからp6assemblyが提出された。 アセンブリは336の足場に組み立てられる885のcontigsから成っている染色体のレベルにあります。 これらの配列から、21の染色体が構築されている。 N50サイズは、組み立てられたゲノムの50％がN50サイズ以上のブロックにあるような長さである。 連続体のN50の長さは32,273,079であり、足場N50は52,589,046である。
Gene annotation
遺伝子アノテーションプロセスは、タンパク質からゲノムへのアラインメント、適切な参照種からのアノテーションマッピング、およびRNA-seqアラインメント（適切なメタデータを持つRNA-seqデータが公に利用可能であった）の組み合わせを用いて行われた。 各候補遺伝子領域について、選択プロセスは、進化の距離、ソースデータとアラインメントの品質のための実験的証拠に基づいて転写物の最も適切なセッＢＬＡＳＴおよびＩｎｆｅｒｎａｌ／Ｒｎａｆｏｌｄの組み合わせを使用して、小さなｎｃＲＮＡを得た。 偽遺伝子は、遺伝子が繰り返しで覆われていた非生物学的イントロン（<10bpのイントロン）の割合が大きい遺伝子を見ることによって計算された、または遺伝子が単一のエクソンであり、機能的なマルチエクソンパラログの証拠がゲノムの他の場所で発見された。 ｌｉｎｃＲＮＡは、転写物中にタンパク質相同性またはタンパク質ドメインの証拠が見つからなかったＲＮＡ−ｓｅｑデータを介して生成された。
フォートローダーデール協定に基づき、これらのデータを用いたゲノムワイド解析を公開する前に、ゲノム/アセンブリの公開状況を確認してください。
