NdeIは、エキソヌクレアーゼとは異なり、特定の標的配列を切断する特定のII型制限酵素である。 この酵素は、大腸菌などの特定の細菌のプラスミドの開いた読み取りフレームを切断し、ゼリー魚Aequorea victoriaの生物蛍光をコードするgfpuv遺伝子のような外来遺伝子を挿入するための遺伝子クローニングに使用される。
NdeIは、開始コドンATGを含むため、異種DNA構築物を生成するのに有用である。 したがって、それは、発現構築物を作製するときの遺伝子の開始のライゲーションのために、いくつかの発現ベクター、例えばＰＥＴ一連のベクター中のもので使 しかしながら、Ｎｄｅｉは２塩基突出部のみを生成するので、４塩基突出部を生成する他の制限酵素よりも低い融解温度を有することに留意されたい。 結紮は端部のアニール能力によって影響され、2塩基突出部は4塩基突出部と比較して著しく低い溶融温度を有するので、結紮効率が低い。 したがって、NdeI生成端の結紮は、室温、14-16℃、または4℃であるかどうかにかかわらず、より長い結紮時間でより高いリガーゼ濃度で最もよく行われる
