Ved anvendelse av prinsippene for cost-benefit analysis to real world problems of resource allocation det må utvises særlig forsiktighet for å sikre at velferdsøkonomisk teori som ligger til grunn for cost-benefit teknikken overholdes. Store problemer oppstår der kostnader og fordeler brukes om hverandre for å representere de gode og dårlige egenskapene til et program. Videre, i nærvær av gjensidig eksklusive prosjekter, kan fokusering på nettofordeler (eller kost-nytte-forhold) av individuelle prosjekter i motsetning til nettofordeler ved bruk av budsjetterte ressurser føre til partiske estimater av skyggeprisen på prosjekter og dermed feil i analytikernes konklusjoner. Som et resultat er økonomiske vurderinger av individuelle prosjekter ikke direkte relevante for å velge mellom gjensidig eksklusive prosjekter av forskjellige størrelser. Begge typer problem er illustrert med henvisning til både enkle eksempler og publiserte økonomiske vurderinger av helsetjenester teknikker. Integer programmering er foreslått og demonstrert som en metode for å velge mellom gjensidig eksklusive prosjekter.
