N-terminal sekvensering, ofte referert Til Som Edman sekvensering Eller Edman degradering er en viktig teknikk i protein studie og er fortsatt en unik tilnærming som kan gi nye protein sekvens data. Det er også den foretrukne teknikken for rask proteinuttrykksbekreftelse.
kjemien i denne tilnærmingen ble først introdusert i 1950 Av P. Edman Fra Lunds Universitet I Sverige og videreutviklet under sitt arbeid I Melbourne, Australia til det som antas å være den første automatiserte peptidsekvenseringsanordningen.
Edmans kjemi
Fig 1. Edman degradering kjemi For N-terminal protein sekvensering.
de kjemiske reaksjoner som gir den hydrolized n-terminal merket aminosyre er vist i fig 1. Hver syklus inneholder i hovedsak 3 trinn:
- Kobling av fenylisotiocyanat (PITC, Edman reagens) til alfa-amin i polypeptidkjeden under grunnleggende betingelser for å danne en fenyltiokarbamyl (PTC) – del.
- Spaltning under milde sure forhold genererer en fri aminoterminal på polypeptidet og en anilinotiazolinon (ATZ) adduktert aminosyre.
- sistnevnte blir ekstrahert og videre omdannet til et mer stabilt fenyltiohydantoin (PTH) derivat.
den resulterende pth-residuet analyseres VED HPLC og retensjonstider sammenlignet med standarder PTH-aminosyrer.
sidereaksjoner og biprodukter
Sekvensering syklus kjemi og opparbeiding er godt kontrollert og gir perfekt definerte arter, er det noen biprodukter som oppdages under analyse.
som vist i figur 2, kommer de hovedsakelig fra PITC-hydrolyse og metanolyse i løpet av syklusen og inkluderer difenyltiurea (DPTU), N-fenyl,o-metyl-tiokarbonat (PMTC) og difenylurea (DPU), biprodukter som co-ekstraherer og co-eluerer MED PTH-aminosyrer.
