For Det meste Var inca-militæret organisert veldig mye som vår moderne hær. Basert på desimalenheter hadde en tropp på ti menn en korporal, og fem grupper på ti hadde en sersjant. Denne ordren fortsatte med offiserer som overvåket grupper på 100, 500, 1000 og 5000. Den ultimate kommandanten var sapa inca (keiseren). Fremragende tjeneste i militæret ble belønnet uavhengig av krigernes sosiale stilling.
Hånd-til-hånd-kamp var den vanligste formen for kamp. Inkaene brukte kampøkser og lanser laget av kobber, bronse og stein. Disse våpnene var imidlertid ikke skarpe nok til å trenge inn i spansk rustning. Også, de brukte et utvalg av klubber. Den største, porra, krevde to hender. Den besto av et langt trehåndtak med en kobberkule eller stein som hadde fem eller seks fremspringende punkter. Porra var ikke i stand til å trenge inn i en spansk hjelm. En Av Deres mest effektive våpen Brukt Av Inca var en slynge eller warak ‘ a. det kastet steiner med en slik kraft at de kunne bryte en spansk sverd i to. Inkaene brukte bue og pil, men de var ikke veldig nøyaktige og de var også ubrukelige mot spansk rustning.
Inca-soldater var mellom 25 og 50 år. Alle hadde omfattende militær trening. De hadde på seg bomull eller alpaca tunika, og hjelmene deres var laget av kurv. Mange av hjelmene var utsmykket i fargerike fjær. Også, de hadde tykt quiltet bomull rustning.
Inca lined opp i henhold til våpenet de bar. De som bar våpen som kunne slå fra avstand, ble plassert på forsiden. Disse inkluderte bueskyttere,slynge kastere, og spydkast. De ble etterfulgt av øksen og klubben med tropper. Inca militære sjefer ble båret opp på slagmarken i kull. Før du går inn kamp keiseren og hans tropper fastet. Fasten avsluttet med en stor fest og forbruket av enorme mengder maisøl.
Inca militær strategi var ikke komplisert. De delte sine styrker i tre grupper. Den første gruppen angrep fra fronten, mens de andre to gruppene sirklet og angrep bakfra. Inca kuttet også vannforsyning, kommunikasjon og matforsyninger. Som Inkaene nærmet sine fiender de gjorde earsplitting støy. De blåste conch horn, fløyter, slo trommer, danset og ropte. Denne strategien vil skremme de motsatte kreftene. Noen Ganger Ville Inca-militæret legge til sine arsenaler våpnene i landene de hadde beseiret. Slik oppdaget de bola som var veldig effektiv mot de spanske hestene. Bolaen var et tau med tre steiner festet, og når den ble kastet riktig, kunne den omslutte fiendens armer og ben.