NdeI er et spesifikt type II restriksjonsenzym som kutter åpne spesifikke målsekvenser, i motsetning til eksonukleaser. Dette enzymet brukes i genkloning for å kutte åpne leserammer i plasmidet av visse bakterier som E. coli og sette inn et fremmed gen, for eksempel gfpuv-genet som koder for biofluorescens av jelly fish aequorea victoria.
NdeI er nyttig for å generere heterolog DNA-konstruksjon fordi den inneholder startkodonet ATG. Det kan derfor brukes i noen ekspresjonsvektorer, som de i pET-serien av vektorer, for ligering av starten av et gen når man lager en ekspresjonskonstruksjon. Merk Imidlertid At NdeI genererer bare en to-base overheng og derfor har en lavere smeltetemperatur enn andre begrensning enzymer som genererer en fire-base overheng. Den har en lavere ligeringseffektivitet, siden ligering påvirkes av endens evne til anneal og et tobaset overheng har en betydelig lavere smeltetemperatur sammenlignet med et 4-base overheng. Ligering Av NdeI-genererte ender utføres derfor best med høyere ligasekonsentrasjon med lengre ligeringstid, enten ved romtemperatur, 14-16°C Eller ved 4°c.
