mysz domowa (Mus musculus) to mały ssak z rzędu Rodentia, charakteryzujący się spiczastym pyskiem, małymi zaokrąglonymi uszami i długim nagim lub prawie bezwłosym ogonem. Jest to jeden z najliczniejszych gatunków rodzaju Mus. Chociaż dzikie zwierzę, mysz domowa żyje głównie w połączeniu z ludźmi.Mysz domowa została udomowiona jako zwierzę domowe lub mysz fantazyjna oraz jako mysz laboratoryjna, która jest jednym z najważniejszych organizmów modelowych w biologii i medycynie.
Montaż
Grcm38.zespół p6 został złożony przez Genome Reference Consortium we wrześniu 2017. Zespół jest na poziomie chromosomu, składający się z 885 stygów połączonych w 336 rusztowań. Z tych sekwencji zbudowano 21 chromosomów. Rozmiar N50 to długość taka, że 50% zmontowanego genomu leży w blokach o rozmiarze N50 lub dłuższym. Długość N50 dla styków wynosi 32 273 079, podczas gdy rusztowanie N50 wynosi 52 589 046.
adnotacja genu
proces adnotacji genu przeprowadzono przy użyciu kombinacji dopasowania białka do genomu, mapowania adnotacji z odpowiednich gatunków referencyjnych i dopasowania RNA-seq (gdzie dane RNA-seq z odpowiednimi metadanymi były publicznie dostępne). Dla każdego regionu genów kandydujących zastosowano proces selekcji, aby wybrać najbardziej odpowiedni zestaw transkryptów w oparciu o odległość ewolucyjną, eksperymentalne dowody dla danych źródłowych i jakość dopasowań.Małe ncrna uzyskano stosując kombinację BLAST i Infernal/Rnafold. Pseudogenes obliczano patrząc na geny z dużym odsetkiem niebiologicznych intronów (intronów <10bp), gdzie gen był pokryty powtórzeniami lub gdzie gen był pojedynczym egzonem, a dowody funkcjonalnego paralogu wielo-egzonowego znaleziono gdzie indziej w genomie. lincrna generowano za pomocą danych RNA-seq, gdzie nie znaleziono dowodów na homologię białek lub domeny białek w transkrypcie.
zgodnie z umową z Fort Lauderdale prosimy o sprawdzenie statusu publikacji genomu/zespołu przed opublikowaniem jakichkolwiek analiz genomu wykorzystujących te dane.
