w przeważającej części wojsko Inków było zorganizowane bardzo podobnie do naszej nowoczesnej armii. W oparciu o jednostki dziesiętne oddział dziesięcioosobowy miał kaprala, a pięć grup dziesięcioosobowych-sierżanta. Rozkaz ten był kontynuowany z oficerami nadzorującymi grupy 100, 500, 1000 i 5000. Ostatecznym dowódcą był sapa inca (cesarz). Wybitna służba w wojsku była nagradzana niezależnie od pozycji społecznej wojowników.
walka wręcz była najczęstszą formą walki. Inkowie używali toporów bojowych i lanc wykonanych z miedzi, brązu i kamienia. Broń ta nie była jednak wystarczająco ostra, aby przebić hiszpańskie pancerze. Ponadto korzystali z szeregu klubów. Największy, porra, wymagał dwóch rąk. Składał się z długiej drewnianej rączki z kulką z miedzi lub kamienia, która miała pięć lub sześć wystających punktów. Porra nie była zdolna do przebicia hiszpańskiego hełmu. Jedną z ich najskuteczniejszych broni używanych przez Inków był proca lub warak’ a. rzucał kamieniami z taką siłą, że mogli złamać Hiszpański miecz na dwie części. Inkowie używali łuku i strzały, ale nie byli zbyt celni i byli również bezużyteczni przeciwko hiszpańskiej zbroi.
żołnierze Inków byli w wieku od 25 do 50 lat. Wszyscy przeszli intensywne szkolenie wojskowe. Nosili tuniki bawełniane lub alpakowe, a ich hełmy wykonane były z wikliny. Wiele hełmów ozdobiono jasnymi piórami. Nosili też grubo pikowaną bawełnianą zbroję.
Inkowie ustawili się zgodnie z bronią, którą nosili. Ci, którzy nosili broń, która mogła uderzyć z dystansu, byli umieszczani na linii frontu. Były to łucznicy, miotacze procy i oszczepnicy. Za nimi podążały oddziały toporów i klubu. Dowódcy wojskowi Inków byli przenoszeni wysoko na pole bitwy w litrach. Przed przystąpieniem do bitwy cesarz i jego wojska pościli. Post zakończył się wielką ucztą i spożyciem ogromnych ilości piwa kukurydzianego.
strategia wojskowa Inków nie była skomplikowana. Podzielili swoje siły na trzy grupy. Pierwsza grupa zaatakowała z przodu, podczas gdy pozostałe dwie grupy krążyły i atakowały od tyłu. Inkowie odcięli również zaopatrzenie w wodę, komunikację i żywność. Gdy Inkowie zbliżali się do swoich wrogów, wydawali odgłosy. Dmuchali w rogi, gwizdali, bili w bębny, tańczyli i krzyczeli. Ta strategia przestraszyłaby przeciwne siły. Czasami wojsko Inków dodawało do swoich arsenałów Broń krajów, które pokonali. W ten sposób odkryli bolę, która była bardzo skuteczna przeciwko hiszpańskim koniom. Bola była liną z przymocowanymi trzema kamieniami, a po prawidłowym rzuceniu mogła otaczać ręce i nogi wroga.
