9 września 1962 Uganda uzyskała niepodległość, a premierem został dr Apollo Milton Obote, lider UPC. Buganda otrzymała znaczną autonomię. W 1963 roku Uganda stała się republiką, a Mutesa został wybrany na prezydenta. Pierwsze lata niepodległości zdominowała walka między rządem centralnym a Bugandą. W 1966 Obote wprowadził nową konstytucję, która kończyła autonomię Bugandy. Baganda zaprotestował energicznie i zdawał się być bliski wzięcia broni, gdy Obote zdobył Pałac Kabaki w Mengo, zmusił kabakę do ucieczki z kraju i zakończył skuteczny opór Bagandy.
w 1967 r.wprowadzono nową konstytucję dającą rządowi centralnemu—zwłaszcza prezydentowi—większą władzę i dzielącą Bugandę na cztery okręgi; zniesiono również tradycyjne królestwa. W 1969 roku Obote zdecydował się podążać lewicowym kursem w nadziei na zniwelowanie różnic etnicznych i regionalnych poprzez wspólną politykę społeczną.
Uganda przeszła burzliwe czasy. W Styczniu, 1971, Obote, w tym czasie poza krajem, został obalony w zamachu stanu przez generała dywizji Idi Amina. Miał rządzić krajem przez następne osiem lat.
w 1978 r.Uganda najechała Tanzanię w celu aneksji regionu Kagera. W 1979 roku Tanzania rozpoczęła udaną kontratakację i skutecznie zjednoczyła różne siły anty-aminów w ramach ugandyjskiego Frontu Wyzwolenia Narodowego (UNLF). Siły Amina zostały wyparte, a sam Amin uciekł z kraju.
Uganda miała mieć kilku głów państw pod UNLF: Prof. Yusufu Lule, Godfrey Binaisa i Paul Muwanga jako przewodniczący Komisji Wojskowej.
UNLF, cierpiący na wewnętrzne konflikty, został odsunięty od władzy przez Miltona Obote i jego partię, ugandyjski Kongres Ludowy. Narodowa Armia oporu (NRA) prowadziła kampanie partyzanckie w całym kraju, a po wycofaniu się wojsk tanzańskich w 1981 r.zaatakowała byłych zwolenników Amina. Na początku lat 80. około 200 000 Ugandyjczyków szukało schronienia w sąsiedniej Rwandzie, Kongo i Sudanie. W 1985 roku wojskowy zamach stanu Obote obalił, a szefem państwa został gen. Tito Okello.
kiedy nie przyznano mu roli w nowym reżimie, NRA kontynuowała kampanię partyzancką i zajęła Kampalę w 1986, a jej przywódca, H. E. Yoweri Kaguta Museveni, został nowym prezydentem.
Uganda przyjęła nową konstytucję w październiku 1995 roku jako najwyższe prawo kraju, które od tego czasu ustanowiło fundament demokratycznych rządów w kraju.
