ndei jest specyficznym enzymem restrykcyjnym typu II, który rozcina specyficzne sekwencje docelowe, w przeciwieństwie do egzonukleaz. Enzym ten jest używany w klonowaniu genów do cięcia otwartych ramek odczytu w plazmidzie niektórych bakterii, takich jak E. coli i wstawić obcy Gen, taki jak gen gfpuv, który koduje bio fluorescencję galaretowatej ryby Aequorea victoria.
NdeI jest przydatny w generowaniu heterologicznego konstruktu DNA, ponieważ zawiera kodon startowy ATG. Dlatego może być stosowany w niektórych wektorach ekspresyjnych, takich jak te z serii wektorów pET, do ligacji początku genu podczas tworzenia konstrukcji ekspresyjnej. Należy jednak zauważyć, że NdeI generuje tylko zwis o dwóch zasadach i dlatego ma niższą temperaturę topnienia niż inne enzymy restrykcyjne, które generują zwis o czterech zasadach. Ma niższą skuteczność ligacji, ponieważ na ligację wpływa zdolność końców do wyżarzania, a zwis dwu zasadowy ma znacznie niższą temperaturę topnienia w porównaniu do zwisu 4 zasadowego. Ligację końców generowanych przez ndei najlepiej wykonać przy wyższym stężeniu ligazy i dłuższym czasie ligacji, czy to w temperaturze pokojowej, 14-16°C, czy w 4°C.
