Pombe Technology

Nazywanie nowego genu? To dobry pomysł, aby sprawdzić w Sanger Centre pombe genome project, aby zobaczyć, czy oznaczenie genu jest już zajęte. Można również zarezerwować nazwę genu dla konkretnego locus przed publikacją. Badacze są zachęcani do korzystania z rejestru genów do rezerwowania nazw, proponowania zmian nazw lub kontaktowania się z GNC (gene nomenclature committee). GNC zajmie się duplikatami nazw, niestandardowymi oznaczeniami i innymi tego typu kwestiami. W razie potrzeby Komisja dokona również przeglądu reguł nomenklatury, aby zapewnić ich aktualność. Dostęp do komitetu przez stronę powyżej.
ogólne zasady nazewnictwa: nazwy genów drożdży Rozszczepieniowych wyrażane są zazwyczaj jako trzyliterowe, kursywą, po której następuje Liczba, oraz plusem dla typu dzikiego (cdc19+; plusem powinien być superscript w normalnym tekście). U mutantów plus zastępuje się oznaczeniem allelu (cdc19-P1). Oznaczenia alleli różnią się znacznie w formacie; niektóre są literami, niektóre cyframi, niektóre mieszanką.
większość badaczy wskazuje delecje z Δ(delta). Na przykład, zakłócenie ulubionego genu yfg1+ z ura4+ jest napisane Δ yfg1:: ura4+w odpowiedniej tabeli szczepów, chociaż ludzie często używają Δ yfg1 lub yfg1Δ jako krótkiej ręki w tekście. Ostatnio preferowanym oznaczeniem stał się yfg1Δ. Dla delecji alleli zbudowanych bez wstawiania, niektórzy używają oznaczenia alleli zaczynającego się od D; np. ura4-D18 jest delecją ura4+. Jednak nie możesz być pewien, że „D” w oznaczeniu allelu jest zawsze usunięciem, więc zachowaj ostrożność i przeczytaj literaturę. Niektórzy zdecydowanie zachęcają do tego, aby allele delecji otrzymały unikalne oznaczenie alleli, np. yfg1-D1::ura4+, ale nie jest to typowe. Jednak w kilku przypadkach ten sam gen został zakłócony w różnych laboratoriach, a fenotypy różnią się w zależności od dokładnej konstrukcji. Bez unikalnego identyfikatora dla danego allelu laboratorium doprowadziło to do znacznego zamieszania w literaturze.
:: (dwukropek) jest używany do wskazania wstawienia do genomu. Nie musi odpowiadać delecji/zakłóceniu, na przykład oznaczenie locus przez zintegrowanie znacznika poniżej oznaczałoby yfg1+::leu1+ lub yfg1+:: pAB123. Ogólnie rzecz biorąc, to, co pojawia się przed :: jest locus i musisz wskazać, czy jest to typ dziki, czy mutant; to, co pojawia się po::, jest tym, co zostało zintegrowane, i musisz go również zidentyfikować. W niektórych przypadkach ludzie używają pojedynczego dwukropka: do wskazania wprowadzenia, a podwójnego dwukropka:: do wskazania wymiany/zakłócenia.
W starszej literaturze następowało po nim dołączone p (np. Cdc19p). P jest szczególnie przydatne dla osób nie-drożdżowych, które mogą nie znać konwencji typu roman versus italic, ale wypadło z łask. Aby jeszcze bardziej skomplikować życie, nazewnictwo drożdży jest inne: nazwy genów typu dzikiego są pisane kursywą (LEU2), mutanty (o ile nie dominują) są małymi literami (leu2-3), A nazwy białek są w tekście rzymskim (LEU2 lub Leu2).



+